# @bighatbio/stat\.seqs 中文文档

规范地址：https://npmcn.com/package/%40bighatbio/stat.seqs/

版本：0\.1\.22
npm 元数据更新时间：2022-04-04T18:46:19.679Z
中文译文更新时间：2026-11-08T02:03:21.880Z
软件包许可：未声明

本文由上游 README 翻译，可能存在偏差，请结合原文核对 API、命令与配置。版权与许可归原作者所有。

原始 npm 页面：https://www.npmjs.com/package/%40bighatbio/stat.seqs
原文对照：https://npmcn.com/package/%40bighatbio/stat.seqs/?lang=original
项目主页：https://github.com/BigHat-Biosciences/stat.seqs
源码仓库：https://github.com/BigHat-Biosciences/stat.seqs

## 关键信息（来自 npm 元数据）

- 包体积（解压后）：30.7 kB，11 个文件
- 模块格式：CommonJS
- TypeScript 类型：未声明
- 运行依赖：2 个
- 首次发布：2021-10-18T15:41:00.151Z
- 最新版本发布：2021-10-18T15:44:45.585Z
- 近 30 天下载量：19051（2026-10-08 至 2026-11-06，npm 官方下载统计）
- 已发布版本数：2（近 12 个月 0 个）

## 中文简介

一个分析多个后列(信息内容,频率,.)的模块

## 安装

```sh
npm install @bighatbio/stat.seqs
```

也可以使用：`pnpm add @bighatbio/stat.seqs`、`yarn add @bighatbio/stat.seqs`、`bun add @bighatbio/stat.seqs`

## README

# 数据库.seqs

[![NPM version](http://img.shields.io/npm/v/stat.seqs.svg)](https://www.npmjs.org/package/stat.seqs) [![Build Status](https://secure.travis-ci.org/greenify/stat.seqs.png?branch=master)](http://travis-ci.org/greenify/stat.seqs)

> 一个分析多个后列(信息内容,频率,.)的模块

## 开始

安装模块 : `npm install stat.seqs`

```javascript
var MSAStats = require('stat.seqs');
var seqs = ["AACG", "CACG", "AAGC", "CAAG"];
var stats = MSAStats(seqs);
```

所有操作都会被缓存,但如果改变序列,它们将会被再次计算出.

## 业务

### 频率

```
stats.frequency() // calculates the relative frequency of a base at a given position
> [ { A: 0.5, C: 0.5 },
  { A: 1 },
  { C: 0.5, G: 0.25, A: 0.25 },
  { C: 0.25, G: 0.75 } ]
```

### 序列认同和共识

```
stats.consensus() // calculates the consensus
> "AACG"

stats.identity() // identity to the consensus seq
> [ 1, 0.75, 0.5, 0.5 ]

stats.identity("AAAA") // identity to the given seq
> [ 0.5, 0.25, 0.5, 0.5 ]
```

### 背景分布

```
stats.background() // calculates the background distribution of all seqs
> { A: 0.4375, C: 0.3125, G: 0.25 }

stats.bg = {A: 0.25, C: 0.25, G: 0.25, T: 0.25} // set your own background distribution

stats.useBackground(); // use background distribution in anlysis
```

### 信息内容(内容)和保护

```
stats.ic() // calculates the information content
> [ 1, 0, 1.5, 0.81 ]

// change your alphabet
stats.setDNA(); // default
stats.setProtein();
stats.alphabetSize = 21; // your own size

// now you can scale the information content 
stats.scale(stats.ic());
> [ 0.5, 0, 0.75, 0.41 ]

stats.conservation() // needs an alphabetSize!
> [ 1, 2, 0.5, 1.19 ]
stats.scale(stats.conservation()) // scale conservation 
> [ 0.5, 1, 0.25, 0.59 ]

stats.conservResidue() // calculate conservation per residue
> [ { A: 0.5, C: 0.5 },
  { A: 2 },
  { C: 0.25, G: 0.13, A: 0.13 },
  { G: 0.89, C: 0.3 } ]

stats.conservResidue({scaled: true}) 
> [ { A: 0.25, C: 0.25 },
  { A: 1 },
  { C: 0.13, G: 0.06, A: 0.06 },
  { G: 0.45, C: 0.15 } ]
```

规模和养护需要一套 `alphabetSize` (违约4);

### 具有背景分布的养护

(工作正在进行)

```
stats.useBackground(); // by default from all letters

stats.ic() // calculates the information content
stats.scale(stats.ic());

stats.conservation(

stats.scale(stats.conservation())

stats.conservResidue() 

stats.conservResidue({scaled: true}) 
```

### 三维分析

```
stats.maxLength() 
> 4
stats.gaps() // relative percentage of gaps for a column
> [0, 0, 0, 0]
```

### 运行序列

```
stats.addSeq("AAA")
stats.addSeqs(["AAA", "AAB"])
stats.resetSeqs(["AAA", "AAB"])
stats.removeSeq("AAA")
stats.removeSeq(2) // you can also use indexes
```

## 捐款

请将所有问题提交人权理事会 [绿化/stat.seqs](http://github.com/greenify/stat.seqs) 仓库 !

## 支助

如果你有任何问题或建议,请提出一个问题 [这里](https://github.com/greenify/stat.seqs/issues)。 。 。 .

## 许可证

麻省理工学院许可证

版权(c)2014年,绿化

特此免费准许任何人 获取该软件和相关文件的副本 文件(“软件”),在软件中处理,不包含 限制,包括不限制使用权, 复制、修改、合并、出版、发行、分版和/或销售 软件的复制本,并允许向 为此提供了软件,但须符合下列条件: 条件:

上述版权通知和本许可通知应为: 列入软件的所有副本或大部分.

软件是提供的"是", 没有任何种类的恐惧, 或监禁,包括但不限制于 特别目的和目的的证明 无所不入。 绝对不能让警察或警察 B. 任何索赔、救济或其他负债的持有者, 条约、条约或其他条约行动 来源、来源或与溶剂或使用有关的 其他交易 在软件.

## 常见问题

### @bighatbio/stat\.seqs 是什么？

一个分析多个后列\(信息内容,频率,\.\)的模块

### 如何安装 @bighatbio/stat\.seqs？

在项目目录运行 npm install @bighatbio/stat\.seqs，或使用 pnpm add / yarn add / bun add。

### @bighatbio/stat\.seqs 支持 TypeScript 吗？

该包的 package\.json 没有声明类型入口。需要类型提示时，可以在 npm 上查找社区维护的 @types/bighatbio\_\_stat\.seqs 是否存在。

### @bighatbio/stat\.seqs 支持 ESM 还是 CommonJS？

以 CommonJS 形式发布，可以直接 require\(\)；在 ES Module 项目中也可以用 import 引入（Node\.js 会把 module\.exports 作为默认导出）。

### @bighatbio/stat\.seqs 可以商用吗？

@bighatbio/stat\.seqs 使用 未声明 许可。package\.json 没有声明许可证。没有许可证的代码默认保留全部权利，商用前请联系作者或查看仓库中的 LICENSE 文件。以上为概括，不构成法律意见，请以许可原文为准。

### @bighatbio/stat\.seqs 的下载量有多少？

根据 npm 官方下载统计，@bighatbio/stat\.seqs 在 2026/10/08 – 2026/11/06 这 30 天内被下载 19,051 次，日均约 635 次。下载量会把 CI 构建、镜像同步和作为其他包依赖的安装一并计入，适合横向比较热度，不能直接等同于使用人数。

### @bighatbio/stat\.seqs 还在维护吗？

最新版本 0\.1\.22 发布于 2021/10/18（5 年前）；至今共发布 2 个版本，其中过去 12 个月发布了 0 个；首次发布于 2021/10/18。发布频率只是参考信号：功能稳定的工具可能很少需要更新，建议结合源码仓库的 issue 和提交记录判断。