# @cyanheads/biorxiv-mcp-server 中文文档

规范地址：https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/

版本：0\.5\.1
npm 元数据更新时间：2026-10-29T17:19:21.278Z
中文译文更新时间：2026-11-11T09:25:16.305Z
软件包许可：Apache-2\.0

本文由上游 README 翻译，可能存在偏差，请结合原文核对 API、命令与配置。版权与许可归原作者所有。

原始 npm 页面：https://www.npmjs.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server
原文对照：https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/?lang=original
项目主页：https://github.com/cyanheads/biorxiv-mcp-server#readme
源码仓库：https://github.com/cyanheads/biorxiv-mcp-server

## 关键信息（来自 npm 元数据）

- 包体积（解压后）：788 kB，113 个文件
- 模块格式：ES Module
- TypeScript 类型：包内自带
- Node.js 要求：\>=24\.0\.0
- 运行依赖：5 个
- 首次发布：2026-05-23T14:43:24.125Z
- 最新版本发布：2026-10-29T17:19:21.120Z
- 近 30 天下载量：2481（2026-10-11 至 2026-11-09，npm 官方下载统计）
- 已发布版本数：31（近 12 个月 31 个）

## 中文简介

搜索并取回生物Rxiv和medRxiv预印——由DOI,日期间隔,或关键词——通过MCP. (原始内容存档于2012-10-12). STIO or Streamable HTTP.

## 安装

```sh
npm install @cyanheads/biorxiv-mcp-server
```

也可以使用：`pnpm add @cyanheads/biorxiv-mcp-server`、`yarn add @cyanheads/biorxiv-mcp-server`、`bun add @cyanheads/biorxiv-mcp-server`

## README

# @ cyanheads/ biorxiv- mcp- 服务器

**搜索并取回生物Rxiv和medRxiv预印——由DOI,日期间隔,或关键词——通过MCP. (原始内容存档于2012-10-12). STIO or Streamable HTTP.**

7 个工具

[![Version](https://img.shields.io/badge/Version-0.5.1-blue.svg?style=flat-square)](https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/CHANGELOG.md) [![License](https://img.shields.io/badge/License-Apache%202.0-orange.svg?style=flat-square)](https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/LICENSE) [![Docker](https://img.shields.io/badge/Docker-ghcr.io-2496ED?style=flat-square&logo=docker&logoColor=white)](https://github.com/users/cyanheads/packages/container/package/biorxiv-mcp-server) [![MCP SDK](https://img.shields.io/badge/MCP%20SDK-%5E2.4.0-green.svg?style=flat-square)](https://modelcontextprotocol.io/) [![npm](https://img.shields.io/npm/v/@cyanheads/biorxiv-mcp-server?style=flat-square&logo=npm&logoColor=white)](https://www.npmjs.com/package/@cyanheads/biorxiv-mcp-server) [![TypeScript](https://img.shields.io/badge/TypeScript-%5E7.0.2-3178C6.svg?style=flat-square)](https://www.typescriptlang.org/) [![Bun](https://img.shields.io/badge/Bun-v1.4.4-blueviolet.svg?style=flat-square)](https://bun.sh/)

[![Install in Claude Desktop](https://img.shields.io/badge/Install_in-Claude_Desktop-D97757?style=for-the-badge&logo=anthropic&logoColor=white)](https://github.com/cyanheads/biorxiv-mcp-server/releases/latest/download/biorxiv-mcp-server.mcpb) [![Install in Cursor](https://cursor.com/deeplink/mcp-install-dark.svg)](https://cursor.com/en/install-mcp?name=biorxiv-mcp-server&config=eyJjb21tYW5kIjoibnB4IiwiYXJncyI6WyIteSIsIkBjeWFuaGVhZHMvYmlvcnhpdi1tY3Atc2VydmVyIl19) [![Install in VS Code](https://img.shields.io/badge/VS_Code-Install_Server-0098FF?style=for-the-badge&logo=visualstudiocode&logoColor=white)](https://vscode.dev/redirect?url=vscode:mcp/install?%7B%22name%22%3A%22biorxiv-mcp-server%22%2C%22command%22%3A%22npx%22%2C%22args%22%3A%5B%22-y%22%2C%22%40cyanheads%2Fbiorxiv-mcp-server%22%5D%7D)

[![Framework](https://img.shields.io/badge/Built%20on-@cyanheads/mcp--ts--core-67E8F9?style=flat-square)](https://www.npmjs.com/package/@cyanheads/mcp-ts-core)

**公共主机服务器 :** [https://biorxiv.caseyjhand.com/mcp (中文(简体) )](https://biorxiv.caseyjhand.com/mcp)

* * *

## 概览

bioRxiv和medRxiv预印,元数据和全文. 由关键词和作者搜索,浏览一个日期间隔(可选择按主题),取取任何由DOI预印出,并查看哪些预印会继续到期刊出版.

### 工具

| 工具 | 说明 |
| :-- | :-- |
| `biorxiv_get_preprint` | 获取完整元数据、 抽象、 修订历史和日记的交叉行走, 由 DOI 提供一个或多个预印 |
| `biorxiv_list_recent` | 列出在日期间隔内张贴或更新的预印件, 包括可选服务器、 类别和供资者过滤器 |
| `biorxiv_search_preprints` | 按关键词和(或)作者通过EuropePMC搜索预印,以进行相关性排名,并用BioRxiv/medRxiv元数据丰富 |
| `biorxiv_get_published_version` | 解决其期刊出版记录(journal DOI、名称、出版日期)的预印本DOI,或期刊文章的DOI的预印本 |
| `biorxiv_list_published_versions` | 列出在期刊出版日期的间隔内作为期刊文章出现的预印件,不论何时张贴,可选从一个出版社发布 |
| `biorxiv_get_fulltext` | 从已渲染的 HTML 文章页面中提取的 Markdown 中获取预印文本全文 |
| `biorxiv_list_categories` | 列出 BioRxiv 和 medRxiv 的有效主题类别字符串 |

## 能力参考

### `biorxiv_get_preprint` 工具

-   光着或贴上`https://doi.org/…`, (中文(简体) ), `doi:…`页:1 `biorxiv.org`编号 :`medrxiv.org` 文章 URL, a `vN` 或者说 `.full` 页:1 `biorxiv`, (中文(简体) ), `medrxiv`,或 `both` (默认) `both`(中文(简体) )
-   最多接受200个条目, 并查看前10个不同的目录; 其余的回来 `unprocessed[]` 在另一个电话。 重复的 DOI 被查一次, 每个列表都保持输入顺序
-   每一个预印本都会在 `revisions[]` 头衔、作者、类别、执照、, `awards`, (中文(简体) ), `jatsxmlUrl`, (中文(简体) ), `publishedJournalDoi` 一经接受,和 `server` 发现于(`biorxiv` 或者说 `medrxiv`,准备返回 `server`) (中文(简体) ). 因上游 API 错误属性而省略了资助者名称
-   抽象只停留在最新版本上:上游API每个预印保留一个抽象. 更早前版本的自取自其文章页 `biorxiv_get_fulltext` 与 `version`
-   一个无法降落在 `failed[]` 带有 `reason` (单位:千美元)`not_found`, (中文(简体) ), `invalid_doi_format`, (中文(简体) ), `upstream_unavailable`, (中文(简体) ), `rate_limited`)和a 数据 `retryable` 旗帜; `not_found` 仅在每个尝试的服务器回答时

* * *

### `biorxiv_list_recent` 工具

-   需要一个 `start_date`编号 :`end_date` 间隔, `server` (默认) `both`)和可选 `category` (从 `biorxiv_list_categories`)和仅生物Rxiv `funder` (a ROR ID) 过滤器; 无法应用的过滤器升起 `invalid_category` 或者说 `invalid_funder`
-   以整数提前30页 `cursor`,每个服务器跟踪(`{ biorxiv: { cursor, total, newPreprints }, medrxiv: { cursor, total, newPreprints } }`; 上页的光标标记 `exhausted: true`,且未回答的服务器在 `failed[]`
-   行为修改 : `total` 计数间隔中发布的每个版本,同时 `newPreprints` 如API报告的那样(当API发送不计数时不在此列)
-   默认省略摘要; `include_abstract: true` 加上他们。 每一个都是预印版最新修订版的抽象,甚至排行进行较早的修订版

* * *

### `biorxiv_search_preprints` 工具

-   带 `query` 和(或) `author`选项 `date_from`编号 :`date_to` 财务报告和审定财务报表 `server` (默认) `both`);每页最多100个结果(默认25个;较大 `limit` 返回 100 并附带通知) `cursor_mark`
-   EuropePMC对匹配进行排序(它在发布后1至2天内索引了新的预印),生物Rxiv/medRxiv API用相同的字段丰富它们 `biorxiv_get_preprint`; 仅带有欧洲PMC元数据的记录 `enriched: false` 还有一个 `enrichment_error` (单位:千美元)`service_error`, (中文(简体) ), `rate_limited`, (中文(简体) ), `not_found`),与 `partial_results` 设定
-   摘要以默认方式列入; `include_abstract: false` 丢弃到大小约为三分之一的响应中

* * *

### `biorxiv_get_published_version` 工具

-   采取一个DOI和 `server` (默认) `both`: 预印的DOI(`10.1101/`, (中文(简体) ), `10.64898/`),或期刊文章的"DOI",它解决了它作为(`10.1016/j.cell.2020.01.001` → `10.1101/614172`(三); `10.64898/` DOI 通过预印本自己的日记解析 DOI
-   返回预印的 DOI, 日记 DOI, 日记名称, 已发布日期, 对应的作者机构, 以及 `server` 答案; 如果没有服务器的答案, 它会引发一个可重试 `upstream_unavailable` 或者说 `rate_limited`永远 `doi_not_found`
-   冷泉港实验室出版社杂志`10.1101/gr.…`, (中文(简体) ), `gad.…`, (中文(简体) ), `lm.…`) 共享前印前印并无法由 DOI 解决

* * *

### `biorxiv_list_published_versions` 工具

-   需要一个 `start_date`编号 :`end_date` 期刊出版日期和 `server` (默认) `both`); 每行匹配记录 `biorxiv_get_published_version` 返回,并可能是几年前张贴的预印本
-   回返 `limit` 每个服务器行( 默认 25, 上至 API 的百行页面) 从整数 `cursor`,继续在每个服务器上 `nextCursor`; 最后一个行的光标被标记 `exhausted: true`,且未回答的服务器在 `failed[]`
-   可选 `publisher`,一个日记 DOI 前缀(`10.7554` 对于eLife,只列出在其下发布的生物Rxiv预印; `server: "both"` 单是生物Rxiv,以及 `server: "medrxiv"` 或 API 不承认加价的前缀 `invalid_publisher`。这些行没有日记名称、作者或抽象
-   默认省略摘要; `include_abstract: true` 加起来

* * *

### `biorxiv_get_fulltext` 工具

-   需要一个DOI, `server` (默认) `both`),可选 `version` (或 a 个) `vN` 后缀; 二者必须同意, 预印缺少的版本 `version_not_found`; 返回从已渲染的 HTML 文章页面中提取的 Markdown , 命名答案 `server`
-   表格单元格不在页面上:每个表格保留其标题,以及 `omittedTables` 用为单元格服务的 URL 命名它
-   页面通过 `offset`编号 :`limit` 字符 (默认 20,000), 报告 `totalChars`, (中文(简体) ), `remainingChars`, (中文(简体) ), `hasMore`,以及 `wordCount`; 仅限 PDF 预印并屏蔽页面加高 `fulltext_unavailable`,路径到 `biorxiv_get_preprint`

* * *

### `biorxiv_list_categories` 工具

-   没有 API 调用 — 包含 25 个 bioRxiv 和 51个 medRxiv 类的静态列表, 仅限于 API 过滤器的列表
-   用它来挑一个 `category` 页:1 `biorxiv_list_recent`

## 特征

建造在 [`@cyanheads/mcp-ts-core`](https://github.com/cyanheads/mcp-ts-core): stdio和可流式的 HTTP 传输器,可插接式(`none` 编号 : `jwt` 编号 : `oauth`),可互换存储(`in-memory`, (中文(简体) ), `filesystem`, (中文(简体) ), `Supabase`, (中文(简体) ), `Cloudflare KV/R2/D1`),结构化记录,可选择的OpenTeleometry tracking.

具体生物Rxiv:

-   `BiorxivApiService` 包装 `api.biorxiv.org` (详情、出版物和横行终点) `EuropePmcService` 将 EuropePMC 搜索包成复试和指数回放
-   `BiorxivFullTextService` 从文章页面取出 Markdown `www.biorxiv.org` 编号 : `www.medrxiv.org`
-   每个上游重试阶梯都运行在工具调用剩下的一个50斯的预算上,所以挂出源在客户端的60斯请求超时之前结束——在分类,可重试的错误中,或者,当挂出步骤是可选的,结果会说明缺少什么
-   查询 `biorxiv` 财务报告和审定财务报表 `medrxiv` 当 `server="both"`,每个结果为响应的服务器命名;一旦服务器持有响应的服务器,DOI的搜索就会停止等待
-   礼貌 `User-Agent` 包括一个邮件地址(`BIORXIV_MAILTO` env var)每冷泉港实验室API准则
-   与 **pubmed-mcp-服务器** (出版后), **openalex-mcp-服务器** (引用分析)和 **十字- mcp 服务器** (DOI元数据)

方便代理输出 :

-   优雅的局部失败——每个DOI和每个服务器的失败 `failed[]` 输入 `reason` 财务报告和审定财务报表 `retryable` 旗帜而不是中止调用
-   费率限制透明度——429个表面 `reason: "rate_limited"` 与解析 `retryAfter` 与 `upstream_unavailable`
-   型号浓缩状态 - `biorxiv_search_preprints` 成果记录 `enriched` 加一个已键入 `enrichment_error` (单位:千美元)`service_error` 编号 : `rate_limited` 编号 : `not_found`(中文(简体) )
-   干净的标题和摘要——出口标记和符号占位符(`{beta}`, (中文(简体) ), `[≥]`) 决心用纯文本

## 开始

连接到主机实例, 没有安装 :

```sh
claude mcp add --transport http biorxiv-mcp-server https://biorxiv.caseyjhand.com/mcp
```

或者在当地运行它:

```sh
claude mcp add biorxiv-mcp-server -- npx -y @cyanheads/biorxiv-mcp-server
```

对于其他客户端,请将此添加到 MCP 配置文件中 :

```json
{
  "mcpServers": {
    "biorxiv-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@cyanheads/biorxiv-mcp-server"]
    }
  }
}
```

联系人电子邮件 `BIORXIV_MAILTO` (单位:千美元)`-e BIORXIV_MAILTO=you@example.com`,或一个 `env` 条目)在 `User-Agent` 标题,如"冷泉港实验室API准则"所问. 对于 Docker 或源构建,请参见 [运行服务器](https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/#readme-running-the-server)。 。 。 .

## 配置

所有配置在启动时通过 Zod schemas 在 `src/config/server-config.ts`。 。 。 .

| 变量 | 说明 | 默认 |
| :-- | :-- | :-- |
| `BIORXIV_MAILTO` | 电子邮件地址 `User-Agent` 头; 可选但推荐 . | —— 说 |
| `BIORXIV_API_BASE_URL` | 覆盖 BioRxiv API 基础 URL. | `https://api.biorxiv.org` |
| `EUROPEPMC_API_BASE_URL` | 覆盖欧洲PMC基础URL. | `https://www.ebi.ac.uk/europepmc/webservices/rest` |
| `BIORXIV_WEB_BASE_URL` | 覆盖 BioRxiv 网站基址 URL( 全文 HTML 源码用于 `biorxiv_get_fulltext`) (中文(简体) ). | `https://www.biorxiv.org` |
| `MEDRXIV_WEB_BASE_URL` | 覆盖 medRxiv 网站基址 URL( 完整文本 HTML 源代码 `biorxiv_get_fulltext`) (中文(简体) ). | `https://www.medrxiv.org` |
| `MCP_TRANSPORT_TYPE` | 运输: `stdio` 或者说 `http`。 。 。 . | `stdio` |
| `MCP_HTTP_PORT` | HTTP 服务器端口. | `3010` |
| `MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH` | HTTP 端点路径 . | `/mcp` |
| `MCP_AUTH_MODE` | Auth 模式 : `none`, (中文(简体) ), `jwt`,或 `oauth`。 。 。 . | `none` |
| `MCP_LOG_LEVEL` | 日志级别 (`debug`, (中文(简体) ), `info`, (中文(简体) ), `warning`, (中文(简体) ), `error`(见a/c.5/49/70,附件). | `info` |
| `LOGS_DIR` | 日志文件目录(只有Node.js). | `<project-root>/logs` |
| `LOG_TOOL_FAILURE_PAYLOADS` | 记录每个工具调用失败的参数和结果,按密钥名称编辑并封顶 `LOG_TOOL_FAILURE_PAYLOAD_MAX_BYTES` (默认) `16384`) (中文(简体) ). 自由形式值内部的秘密不编辑 . | `false` |
| `OTEL_ENABLED` | 启用 OpenTeleometry 仪器 . | `false` |

见 [`.env.example`](https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/.env.example) 用于完整可选覆盖列表.

## 运行服务器

### 地方发展

要求数 [Bun v1.4.0 (英语)](https://bun.sh/) 或更高(或Node.js v24+).

-   **克隆并安装 :**
    
    ```sh
    git clone https://github.com/cyanheads/biorxiv-mcp-server.git
    cd biorxiv-mcp-server && bun install
    cp .env.example .env   # optionally set BIORXIV_MAILTO
    ```
    
-   **构建和运行 :**
    
    ```sh
    # One-time build
    bun run rebuild
    
    # Run the built server
    bun run start:stdio
    # or
    bun run start:http
    ```
    
-   **运行检查和测试 :**
    
    ```sh
    bun run devcheck   # Lint, format, typecheck, security
    bun run test       # Vitest test suite
    bun run lint:mcp   # Validate MCP definitions against spec
    ```
    

### 夹克

```sh
docker run --rm -e BIORXIV_MAILTO=your@email.com -p 3010:3010 ghcr.io/cyanheads/biorxiv-mcp-server:latest
```

图像默认为 HTTP 传输、 无国籍会话模式和日志到 `/var/log/biorxiv-mcp-server`; 服务器在 `http://localhost:3010/mcp`运行到一个 MCP 客户端的 stdio,使用 `"command": "docker"` 与 `"args": ["run", "-i", "--rm", "-e", "MCP_TRANSPORT_TYPE=stdio", "ghcr.io/cyanheads/biorxiv-mcp-server:latest"]`为了在当地建设, `docker build -t biorxiv-mcp-server .`; OpenTeleometry 端点依赖性默认安装——用 `--build-arg OTEL_ENABLED=false` 以略去它们.

## 项目结构

| 目录 | 目的 |
| :-- | :-- |
| `src/index.ts` | `createApp()` 进入点——登记工具并初始化服务. |
| `src/config` | 服务器特定环境变量与Zod解析并验证. |
| `src/mcp-server/tools` | 工具定义`*.tool.ts`) (中文(简体) ). 跨越 BioRxiv 和 medRxiv 的七个工具. |
| `src/services/biorxiv` | `BiorxivApiService` 细节、出版物和有再试的横道终点包装. |
| `src/services/biorxiv-fulltext` | `BiorxivFullTextService` —— 使 HTML 文章页面获取和 Markdown 提取 . |
| `src/services/europe-pmc` | `EuropePmcService` ——预打印关键字/作者搜索端点包装. |
| `tests/` | 单位和综合测试 `src/` 结构. |

## 发展指南

见 [`CLAUDE.md`](https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/CLAUDE.md) 发展准则和建筑规则。 简本:

-   搬运工投掷,框架渔获量——否 `try/catch` 在工具逻辑中
-   使用 `ctx.log` 请求范围伐木, `ctx.state` 租户范围储存
-   通过枪管登记新工具 `src/mcp-server/tools/definitions/index.ts`
-   环绕外部 API 调用: 验证 生 → 规范到域类型 → 返回输出计划; 永远不要编织缺失的字段

## 捐款

问题值得欢迎。 提交前进行检查和测试:

```sh
bun run devcheck
bun run test
```

## 许可证

阿帕奇-2.0 — 见 [自由主义](https://npmcn.com/package/%40cyanheads/biorxiv-mcp-server/LICENSE) 详细情况.

## 常见问题

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 是什么？

搜索并取回生物Rxiv和medRxiv预印——由DOI,日期间隔,或关键词——通过MCP\. \(原始内容存档于2012-10-12\)\. STIO or Streamable HTTP\.

### 如何安装 @cyanheads/biorxiv-mcp-server？

在项目目录运行 npm install @cyanheads/biorxiv-mcp-server，或使用 pnpm add / yarn add / bun add。它还提供命令行工具 biorxiv-mcp-server，可以用 npx biorxiv-mcp-server 直接运行。

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 支持 TypeScript 吗？

支持。包内自带 TypeScript 类型声明（package\.json 声明了 types 入口），安装后即可获得类型提示，无需再安装 @types 包。

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 支持 ESM 还是 CommonJS？

以 ES Module 形式发布，推荐使用 import 引入。在 CommonJS 项目中，Node\.js 20\.19\+ / 22\.12\+ 可以直接 require\(\) 不含顶层 await 的 ES Module，更早的版本需要改用动态 import\(\)。

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 需要什么版本的 Node\.js？

package\.json 的 engines 字段要求 Node\.js \>=24\.0\.0。版本不符时 npm 默认只给出警告，开启 engine-strict 后会拒绝安装。

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 可以商用吗？

@cyanheads/biorxiv-mcp-server 使用 Apache-2\.0 许可。宽松许可：允许商业使用、修改和再分发，并附带明确的专利授权；分发时需保留许可与 NOTICE 文件，修改过的文件要注明改动。以上为概括，不构成法律意见，请以许可原文为准。

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 的下载量有多少？

根据 npm 官方下载统计，@cyanheads/biorxiv-mcp-server 在 2026/10/11 – 2026/11/09 这 30 天内被下载 2,481 次，日均约 83 次。下载量会把 CI 构建、镜像同步和作为其他包依赖的安装一并计入，适合横向比较热度，不能直接等同于使用人数。

### @cyanheads/biorxiv-mcp-server 还在维护吗？

最新版本 0\.5\.1 发布于 2026/10/30（12 天前）；至今共发布 31 个版本，其中过去 12 个月发布了 31 个；首次发布于 2026/05/23。发布频率只是参考信号：功能稳定的工具可能很少需要更新，建议结合源码仓库的 issue 和提交记录判断。