# @fishka/seqalgo 中文文档

规范地址：https://npmcn.com/package/%40fishka/seqalgo/

版本：1\.11\.0
npm 元数据更新时间：2026-08-16T03:14:45.671Z
中文译文更新时间：2026-11-14T20:28:16.624Z
软件包许可：Apache-2\.0

本文由上游 README 翻译，可能存在偏差，请结合原文核对 API、命令与配置。版权与许可归原作者所有。

原始 npm 页面：https://www.npmjs.com/package/%40fishka/seqalgo
原文对照：https://npmcn.com/package/%40fishka/seqalgo/?lang=original
项目主页：https://github.com/fishkabio/seqalgo#readme
源码仓库：https://github.com/fishkabio/seqalgo

## 关键信息（来自 npm 元数据）

- 包体积（解压后）：1.3 MB，50 个文件
- 模块格式：ESM + CJS
- TypeScript 类型：包内自带
- Node.js 要求：\>=16
- 运行依赖：1 个
- 首次发布：2026-06-09T08:44:31.422Z
- 最新版本发布：2026-08-16T03:14:45.536Z
- 近 30 天下载量：6166（2026-10-15 至 2026-11-13，npm 官方下载统计）
- 已发布版本数：13（近 12 个月 13 个）

## 中文简介

生物信息学序列算法——对接(Needleman-Wunsch / EMBOSS相容)和相关序列分析公用设备

## 安装

```sh
npm install @fishka/seqalgo
```

也可以使用：`pnpm add @fishka/seqalgo`、`yarn add @fishka/seqalgo`、`bun add @fishka/seqalgo`

## README

# @fishka/seqalgo (英语)

部分 [菲什卡.比奥](https://fishka.bio/) ——基于自由浏览器的生物信息学工具.

浏览器和节点生物信息学应用的序列算法. 这是 算法伴对 [`@fishka/seqio`](https://www.npmjs.com/package/@fishka/seqio)数字 : `seqio` 读和写序列文件, `seqalgo` 分析序列.

当前 API :

-   **Needleman-Wunsch 全球对齐** eDNAFLL 评分和IUPAC 模糊码支持 。 与EMBOSS相匹配的分数 `needle`。 。 。 .
-   **序列公用事业**:去除/计算缺口和IUPAC-意识倒置 备注.
-   **质量修饰**:被修改的Mott和滑动-窗口修饰范围.
-   **配套公用事业**: 坐标转换, 间隙列清理, 双向 组合对齐,并有填充缺口的转换.
-   **色谱仪**: 逆向补真和注射对齐 空白为色谱图.
-   **管道**将许多读物放在一个简短的参照物上, 把它们叠成一栏, 并且从这些栏目中读取判决(涵盖范围、共识和IUPAC含糊不清, 频率-阈值变位调用). 阅读可以来自内置对齐器 或已经放置在地图上.. `placeFromCigar` 转向 SAM/ BAM 启动 位置和CIGARs划入同一栏块,以调和跨栏插入 读取.
-   **协商一致**:两个呼叫者在同一块. `buildConsensus` 这是 频率投票 深堆积想要; `buildBayesianConsensus` 每个读取的重量 以它自己的花红分数作为参考,所以一个干净的读取 超过两个令人怀疑的问题——毛细工作正确答案——和 报告每栏的信心.

计划:突变分类,共识调用,异质检测.

## 安装

```sh
npm install @fishka/seqalgo
```

## 内特曼-温施

```ts
import { needleAlign } from '@fishka/seqalgo';

const result = needleAlign('GATCACAGGT', 'GATCAGGT');

result.seqA; // aligned reference: "GATCACAGGT"
result.seqB; // aligned read:      "GAT--CAGGT"
result.score; // EMBOSS-equivalent score
```

```ts
needleAlign(ref, read, {
  gapOpen: 10,
  gapExtend: 0.5,
  gapAnchor: '5-prime',
});
```

`gapAnchor` 只会影响那些同样得分的内地 同位素/重复道:

-   `'5-prime'` (默认)匹配EMBOSS `needle` 解开领带.
-   `'3-prime'` 用于 ISFG 法医 mtDNA 标记的右锁定空格.

## 序列和质量助手

```ts
import { mottTrim, reverseComplement, slidingWindowTrim } from '@fishka/seqalgo';

reverseComplement('ACGTRY'); // "RYACGT"

mottTrim([8, 12, 30, 31, 29, 10], { cutoff: 20 }); // { start, end }
slidingWindowTrim([8, 12, 30, 31, 29, 10], { threshold: 20, windowSize: 3 });
```

## 对齐和色谱图助手

```ts
import {
  applyAlignmentGapsToChromatogram,
  combineAlignments,
  removeColumnsOfGaps,
  reverseComplementChromatogram,
} from '@fishka/seqalgo';

const cleaned = removeColumnsOfGaps(['A-C-', '--C-']);
const combined = combineAlignments(pairwiseAlignments);
const rc = reverseComplementChromatogram(chromatogram);
const gappedTrace = applyAlignmentGapsToChromatogram(rc, 'AC-GT');
```

亚行路径的进口可供 `@fishka/seqalgo/needle`, (中文(简体) ), `@fishka/seqalgo/sequence`,以及 `@fishka/seqalgo/alignment`。 。 。 .

## 许可证

阿帕奇 - 2.0

## 常见问题

### @fishka/seqalgo 是什么？

生物信息学序列算法——对接\(Needleman-Wunsch / EMBOSS相容\)和相关序列分析公用设备

### 如何安装 @fishka/seqalgo？

在项目目录运行 npm install @fishka/seqalgo，或使用 pnpm add / yarn add / bun add。

### @fishka/seqalgo 支持 TypeScript 吗？

支持。包内自带 TypeScript 类型声明（package\.json 声明了 types 入口），安装后即可获得类型提示，无需再安装 @types 包。

### @fishka/seqalgo 支持 ESM 还是 CommonJS？

同时提供 ES Module 与 CommonJS 入口，import 和 require\(\) 都可以使用，打包工具会自动选择合适的版本。

### @fishka/seqalgo 需要什么版本的 Node\.js？

package\.json 的 engines 字段要求 Node\.js \>=16。版本不符时 npm 默认只给出警告，开启 engine-strict 后会拒绝安装。

### @fishka/seqalgo 可以商用吗？

@fishka/seqalgo 使用 Apache-2\.0 许可。宽松许可：允许商业使用、修改和再分发，并附带明确的专利授权；分发时需保留许可与 NOTICE 文件，修改过的文件要注明改动。以上为概括，不构成法律意见，请以许可原文为准。

### @fishka/seqalgo 的下载量有多少？

根据 npm 官方下载统计，@fishka/seqalgo 在 2026/10/15 – 2026/11/13 这 30 天内被下载 6,166 次，日均约 206 次。下载量会把 CI 构建、镜像同步和作为其他包依赖的安装一并计入，适合横向比较热度，不能直接等同于使用人数。

### @fishka/seqalgo 还在维护吗？

最新版本 1\.11\.0 发布于 2026/08/16（2 个月前）；至今共发布 13 个版本，其中过去 12 个月发布了 13 个；首次发布于 2026/06/09。发布频率只是参考信号：功能稳定的工具可能很少需要更新，建议结合源码仓库的 issue 和提交记录判断。