# jbrowse-plugin-protein3d 中文文档 规范地址：https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/ 版本：1\.28\.1 npm 元数据更新时间：2026-11-03T19:47:50.255Z 中文译文更新时间：2026-11-04T01:03:14.010Z 软件包许可：MIT 本文由上游 README 翻译，可能存在偏差，请结合原文核对 API、命令与配置。版权与许可归原作者所有。 原始 npm 页面：https://www.npmjs.com/package/jbrowse-plugin-protein3d 原文对照：https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/?lang=original 项目主页：https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-protein3d#readme 源码仓库：https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-protein3d ## 关键信息（来自 npm 元数据） - 包体积（解压后）：23.1 MB，624 个文件 - 模块格式：CommonJS - TypeScript 类型：未声明 - 运行依赖：7 个 - 首次发布：2024-07-08T14:32:33.646Z - 最新版本发布：2026-11-03T19:47:49.917Z - 已发布版本数：102（近 12 个月 89 个） ## 中文简介 JBrowse 2的3-D蛋白质结构查看器，通过残基连接到基因组。 ## 安装 ```sh npm install jbrowse-plugin-protein3d ``` 也可以使用：`pnpm add jbrowse-plugin-protein3d`、`yarn add jbrowse-plugin-protein3d`、`bun add jbrowse-plugin-protein3d` ## README # jbrowse-plugin-protein3d 一个3-D蛋白质结构查看器JBrowse 2，链接残基残基到 基因组。 ![TP53 beside PDB 1TUP, p53's core domain bound to DNA, with the R248 hotspot selected](https://raw.githubusercontent.com/GMOD/jbrowse-plugin-protein3d/readme-figure/readme.png) pdb1tup旁的TP53， p53的核心结构域与DNA结合。R248是一个癌症热点 在结构上选择洋红色，其密码子标记在基因上。 [开启此会话](https://jbrowse.org/code/jb2/main/?config=test_data/protein3d_config.json&session=spec-%7B%22views%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22ProteinView%22%2C%22structures%22%3A%5B%7B%22pdbId%22%3A%221TUP%22%2C%22initialResidues%22%3A%7B%22start%22%3A248%2C%22end%22%3A248%7D%7D%5D%2C%22transcriptId%22%3A%22NM_000546.6%22%2C%22sideBySide%22%3Atrue%2C%22zoomToBaseLevel%22%3Afalse%2C%22color%22%3A%7B%22field%22%3A%22mappedChain%22%7D%2C%22connectedView%22%3A%7B%22assembly%22%3A%22hg38%22%2C%22loc%22%3A%22chr17%3A7%2C673%2C700-7%2C674%2C700%22%2C%22tracks%22%3A%5B%7B%22trackId%22%3A%22hg38-ncbiRefSeq%22%2C%22geneGlyphMode%22%3A%22longestCoding%22%7D%2C%22clinvar_ncbi_hg38%22%5D%7D%7D%5D%7D)。 CI重新呈现来自的图形 `main` 每小时 （[脚本/ readme-figure.mjs](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/scripts/readme-figure.mjs)）. 右键单击一个基因并选择 **开放AlphaFold结构** 因为它的预测 一键建立模型，或 **发射蛋白视图** 对于提供每一个的对话 选择。该插件通过UniProt查找AlphaFold模型，列出 实验PDB条目SIFTS映射到该UniProt条目，并且可以搜索 查找相关结构。它将每个结构与转录本的结构对齐 翻译，悬停一个残基会突出它的密码子悬停一个密码子 突出其残留。 ## 试一试 这个 [蛋白质的浏览器](https://staging.genomes.jbrowse.org/protein-browser/) 获取一个基因名称，并在JBrowse中打开它，其结构链接到 基因组。该插件也默认安装在 [genomes.jbrowse.org](https://genomes.jbrowse.org/)，所以它适用于任何物种 在那里。 ## 文档 使用插件： - jbrowse.org上的教程： [TP53从预测到结晶](https://jbrowse.org/jb2/docs/tutorials/tp53_structures/) 打开一个AlphaFold模型和两个叠加在旁边的晶体结构 将R248热点读入其密码子； [基因组中的蛋白质。jbrowse.org](https://jbrowse.org/jb2/docs/tutorials/genomes_proteins/) 从任何基因的右键菜单中启动一个结构和一个MSA。 - [演示](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/demos.md)：各一个链接。在人类中，仅凭名字就能打开基因， 小鼠、酵母、细菌、真菌和病毒(大肠杆菌recA、结核分枝杆菌katG、 SARS-CoV-2刺突，HIV-1衣壳)，然后是容易的结构 图谱错误——一个肽与一个更大的伙伴结合，一个蛋白质与DNA结合，一个 受体和另一种蛋白质融合在一起，磷酸化残基，还有 线粒体蛋白质。 - [你自己的结构](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/your-own-structures.md)打开你折好的模型 你自己（ColabFold, AlphaFold 3, Boltz…），而不是AlphaFold DB， 从文件，URL或每个基因生成的链接，以及哪些特征携带 结束了。 链接和嵌入： - [从URL或代码启动](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/launching.md)：工作会话规范链接； 短 `uniprotId`/`pdbId` + `transcriptId` 形式，几个结构在一个 视图，一维蛋白质视图，以及 `LaunchView-ProteinView` 和 `LaunchView-ProteinAnnotationView` 扩展点。 - [启动参数](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/launch-parameters.md)：每一个论点， `connectedView` 设置，以及文字记录 `feature` 形状。 - [会话快照](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/session-snapshots.md)保存视图的形状 结构简写，以及哪个链映射。 它是如何工作的，有人扩展插件或检查什么数字上 屏幕上的意思是: - [基因组与结构比对](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/genome-to-structure-alignment.md):为什么 该插件将转录本的翻译与动态结构对齐， SIFTS和G2S的先例，它如何选择链和同工异构体， 而序列比对不能决定什么。 - [UniProt功能轨道](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/uniprot-feature-tracks.md)：在哪里加入 以及uniprot到结构的偏移量来自AlphaFold模型的PDB 条目和您自己的模型。 - [秘密调料](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/secret-sauce.md)：用一个比例绘制一个变量 3D视图，排列条和基因组轨迹，以及一些想法 在此基础上进行构建，比如在结构上绘制任何基因组轨迹。 - [残留编号](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/residue-numbering.md)一篇论文的R248是如何变成的 文件中的位置154， `label_seq_id` Mol\*为155，密码子为on Chr17，以及会话规范如何以文献的方式命名残留物。 在插件上工作： - [DEVELOPERS.md](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/DEVELOPERS.md)：在本地运行并发布。 - [测试](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/testing.md)：单元，端到端，文件和演示检查。 - [主机的兼容性](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/host-compatibility.md)：哪个JBrowse主机加载 已发布的包，以及启动它的门。 - [现场检查](https://npmcn.com/package/jbrowse-plugin-protein3d/docs/live-checks.md)：为会话提供本地构建 jbrowse.org。 ## 出版 如果你觉得这个工具有用，请引用我们的工作 Diesh， C, Stevens， G, Bridge， C, Hogue， G, Buels， R, Cain， S, Stein， L, & 福尔摩斯，I.（2026）。基因组浏览器中的蛋白质：系统发育的整合 JBrowse 2中核苷酸水平证据的比对和结构。杂志 分子生物学学报，169645。 [https://doi.org/10.1016/j.jmb.2026.169645](https://doi.org/10.1016/j.jmb.2026.169645) 看到也 [https://github.com/GMOD/proteinbrowser](https://github.com/GMOD/proteinbrowser) 在概述 ## 常见问题 ### jbrowse-plugin-protein3d 是什么？ JBrowse 2的3-D蛋白质结构查看器，通过残基连接到基因组。 ### 如何安装 jbrowse-plugin-protein3d？ 在项目目录运行 npm install jbrowse-plugin-protein3d，或使用 pnpm add / yarn add / bun add。 ### jbrowse-plugin-protein3d 支持 TypeScript 吗？ 该包的 package\.json 没有声明类型入口。需要类型提示时，可以在 npm 上查找社区维护的 @types/jbrowse-plugin-protein3d 是否存在。 ### jbrowse-plugin-protein3d 支持 ESM 还是 CommonJS？ 以 CommonJS 形式发布，可以直接 require\(\)；在 ES Module 项目中也可以用 import 引入（Node\.js 会把 module\.exports 作为默认导出）。 ### jbrowse-plugin-protein3d 可以商用吗？ jbrowse-plugin-protein3d 使用 MIT 许可。宽松许可：允许商业使用、修改和再分发，通常只需在分发时保留原版权与许可声明。以上为概括，不构成法律意见，请以许可原文为准。 ### jbrowse-plugin-protein3d 还在维护吗？ 最新版本 1\.28\.1 发布于 2026/11/04（1 天前）；至今共发布 102 个版本，其中过去 12 个月发布了 89 个；首次发布于 2024/07/08。发布频率只是参考信号：功能稳定的工具可能很少需要更新，建议结合源码仓库的 issue 和提交记录判断。