XML 报告阅读器

这个组件的目的是用基因组学数据读取标准 XML 文档 由卡里斯生命科学公司创建.

它可以从Node.js应用程序内部使用 API 密码 或作为可执行文件 国 际。 。 。 .

安装

npm i @carisls/xmlreport-reader

如果您想要在全球范围使用( 不仅在应用程序文件夹内) , 您可以 装入 -g 旗帜.

npm i -g @carisls/xmlreport-reader

API 使用量

const xmlReader = require('@carisls/xmlreport-reader');

const { promises: fs } = require('fs');

(async() => {
  // Get XML file contents
  const fileContents = await fs.readFile('./myfile.xml', 'utf8');

  // Parse XML into Report
  const report = xmlReader(fileContents);

  // Prettify report JSON
  const reportString = JSON.stringify(report, null, 2);

  // Write to console
  console.log(reportString);

})()
  .catch((err) => {
    console.error(err);
  });

CLI 使用量

此组件也可以作为CLI运行(在应用程序之外).

xmlreport file.xml

如果您想要将其输出打印到某些文件中, 您可以执行

xmlreport file.xml > output.json

支助要素

目前支持提取的元素很少:

• 癌症相关生物标志
• 基因组签名
• 免疫组织化学
• 人类Leukocyte抗原(HLA)
• 现有的临床试验
• 参考资料(辅助治疗)