概览

bioRxiv和medRxiv预印,元数据和全文. 由关键词和作者搜索,浏览一个日期间隔(可选择按主题),取取任何由DOI预印出,并查看哪些预印会继续到期刊出版.

工具

能力参考

biorxiv_get_preprint _工具

• 光着或贴上https://doi.org/…, (中文(简体) ), doi:…页:1 biorxiv.org编号 :medrxiv.org 文章 URL, a vN 或者说 .full 页:1 biorxiv, (中文(简体) ), medrxiv,或 both (默认) both(中文(简体) )
• 最多接受200个条目, 并查看前10个不同的目录; 其余的回来 unprocessed[] 在另一个电话。 重复的 DOI 被查一次, 每个列表都保持输入顺序
• 每一个预印本都会在 revisions[] 头衔、作者、类别、执照、, awards, (中文(简体) ), jatsxmlUrl, (中文(简体) ), publishedJournalDoi 一经接受,和 server 发现于(biorxiv 或者说 medrxiv,准备返回 server) (中文(简体) ). 因上游 API 错误属性而省略了资助者名称
• 抽象只停留在最新版本上:上游API每个预印保留一个抽象. 更早前版本的自取自其文章页 biorxiv_get_fulltext 与 version
• 一个无法降落在 failed[] 带有 reason (单位:千美元)not_found, (中文(简体) ), invalid_doi_format, (中文(简体) ), upstream_unavailable, (中文(简体) ), rate_limited)和a 数据 retryable 旗帜; not_found 仅在每个尝试的服务器回答时

biorxiv_list_recent _工具

• 需要一个 start_date编号 :end_date 间隔, server (默认) both)和可选 category (从 biorxiv_list_categories)和仅生物Rxiv funder (a ROR ID) 过滤器; 无法应用的过滤器升起 invalid_category 或者说 invalid_funder
• 以整数提前30页 cursor,每个服务器跟踪({ biorxiv: { cursor, total, newPreprints }, medrxiv: { cursor, total, newPreprints } }; 上页的光标标记 exhausted: true,且未回答的服务器在 failed[]
• 行为修改 : total 计数间隔中发布的每个版本,同时 newPreprints 如API报告的那样(当API发送不计数时不在此列)
• 默认省略摘要; include_abstract: true 加上他们。 每一个都是预印版最新修订版的抽象,甚至排行进行较早的修订版

biorxiv_search_preprints _工具

• 带 query 和(或) author选项 date_from编号 :date_to 财务报告和审定财务报表 server (默认) both);每页最多100个结果(默认25个;较大 limit 返回 100 并附带通知) cursor_mark
• EuropePMC对匹配进行排序(它在发布后1至2天内索引了新的预印),生物Rxiv/medRxiv API用相同的字段丰富它们 biorxiv_get_preprint; 仅带有欧洲PMC元数据的记录 enriched: false 还有一个 enrichment_error (单位:千美元)service_error, (中文(简体) ), rate_limited, (中文(简体) ), not_found),与 partial_results 设定
• 摘要以默认方式列入; include_abstract: false 丢弃到大小约为三分之一的响应中

biorxiv_get_published_version _工具

• 采取一个DOI和 server (默认) both: 预印的DOI(10.1101/, (中文(简体) ), 10.64898/),或期刊文章的"DOI",它解决了它作为(10.1016/j.cell.2020.01.001 → 10.1101/614172(三); 10.64898/ DOI 通过预印本自己的日记解析 DOI
• 返回预印的 DOI, 日记 DOI, 日记名称, 已发布日期, 对应的作者机构, 以及 server 答案; 如果没有服务器的答案, 它会引发一个可重试 upstream_unavailable 或者说 rate_limited永远 doi_not_found
• 冷泉港实验室出版社杂志10.1101/gr.…, (中文(简体) ), gad.…, (中文(简体) ), lm.…) 共享前印前印并无法由 DOI 解决

biorxiv_list_published_versions _工具

• 需要一个 start_date编号 :end_date 期刊出版日期和 server (默认) both); 每行匹配记录 biorxiv_get_published_version 返回,并可能是几年前张贴的预印本
• 回返 limit 每个服务器行( 默认 25, 上至 API 的百行页面) 从整数 cursor,继续在每个服务器上 nextCursor; 最后一个行的光标被标记 exhausted: true,且未回答的服务器在 failed[]
• 可选 publisher,一个日记 DOI 前缀(10.7554 对于eLife,只列出在其下发布的生物Rxiv预印; server: "both" 单是生物Rxiv,以及 server: "medrxiv" 或 API 不承认加价的前缀 invalid_publisher。这些行没有日记名称、作者或抽象
• 默认省略摘要; include_abstract: true 加起来

biorxiv_get_fulltext _工具

• 需要一个DOI, server (默认) both),可选 version (或 a 个) vN 后缀; 二者必须同意, 预印缺少的版本 version_not_found; 返回从已渲染的 HTML 文章页面中提取的 Markdown , 命名答案 server
• 表格单元格不在页面上:每个表格保留其标题,以及 omittedTables 用为单元格服务的 URL 命名它
• 页面通过 offset编号 :limit 字符 (默认 20,000), 报告 totalChars, (中文(简体) ), remainingChars, (中文(简体) ), hasMore,以及 wordCount; 仅限 PDF 预印并屏蔽页面加高 fulltext_unavailable,路径到 biorxiv_get_preprint

biorxiv_list_categories _工具

• 没有 API 调用 — 包含 25 个 bioRxiv 和 51个 medRxiv 类的静态列表, 仅限于 API 过滤器的列表
• 用它来挑一个 category 页:1 biorxiv_list_recent

特征

建造在 @cyanheads/mcp-ts-core: stdio和可流式的 HTTP 传输器,可插接式(none 编号 : jwt 编号 : oauth),可互换存储(in-memory, (中文(简体) ), filesystem, (中文(简体) ), Supabase, (中文(简体) ), Cloudflare KV/R2/D1),结构化记录,可选择的OpenTeleometry tracking.

具体生物Rxiv:

• BiorxivApiService 包装 api.biorxiv.org (详情、出版物和横行终点) EuropePmcService 将 EuropePMC 搜索包成复试和指数回放
• BiorxivFullTextService 从文章页面取出 Markdown www.biorxiv.org 编号 : www.medrxiv.org
• 每个上游重试阶梯都运行在工具调用剩下的一个50斯的预算上,所以挂出源在客户端的60斯请求超时之前结束——在分类,可重试的错误中,或者,当挂出步骤是可选的,结果会说明缺少什么
• 查询 biorxiv 财务报告和审定财务报表 medrxiv 当 server="both",每个结果为响应的服务器命名;一旦服务器持有响应的服务器,DOI的搜索就会停止等待
• 礼貌 User-Agent 包括一个邮件地址(BIORXIV_MAILTO env var)每冷泉港实验室API准则
• 与 pubmed-mcp-服务器 (出版后), openalex-mcp-服务器 (引用分析)和 十字- mcp 服务器 (DOI元数据)

方便代理输出 :

• 优雅的局部失败——每个DOI和每个服务器的失败 failed[] 输入 reason 财务报告和审定财务报表 retryable 旗帜而不是中止调用
• 费率限制透明度——429个表面 reason: "rate_limited" 与解析 retryAfter 与 upstream_unavailable
• 型号浓缩状态 - biorxiv_search_preprints 成果记录 enriched 加一个已键入 enrichment_error (单位:千美元)service_error 编号 : rate_limited 编号 : not_found(中文(简体) )
• 干净的标题和摘要——出口标记和符号占位符({beta}, (中文(简体) ), [≥]) 决心用纯文本

开始

连接到主机实例, 没有安装 :

claude mcp add --transport http biorxiv-mcp-server https://biorxiv.caseyjhand.com/mcp

或者在当地运行它:

claude mcp add biorxiv-mcp-server -- npx -y @cyanheads/biorxiv-mcp-server

对于其他客户端,请将此添加到 MCP 配置文件中 :

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@cyanheads/biorxiv-mcp-server"]
    }
  }
}

联系人电子邮件 BIORXIV_MAILTO (单位:千美元)-e [email protected],或一个 env 条目)在 User-Agent 标题,如"冷泉港实验室API准则"所问. 对于 Docker 或源构建,请参见 运行服务器。 。 。 .

配置

所有配置在启动时通过 Zod schemas 在 src/config/server-config.ts。 。 。 .

见 .env.example 用于完整可选覆盖列表.

运行服务器

地方发展

要求数 Bun v1.4.0 (英语) 或更高(或Node.js v24+).

• 克隆并安装 :

  git clone https://github.com/cyanheads/biorxiv-mcp-server.git
  cd biorxiv-mcp-server && bun install
  cp .env.example .env   # optionally set BIORXIV_MAILTO
  

• 构建和运行 :

  # One-time build
  bun run rebuild
  
  # Run the built server
  bun run start:stdio
  # or
  bun run start:http
  

• 运行检查和测试 :

  bun run devcheck   # Lint, format, typecheck, security
  bun run test       # Vitest test suite
  bun run lint:mcp   # Validate MCP definitions against spec
  

夹克

docker run --rm -e [email protected] -p 3010:3010 ghcr.io/cyanheads/biorxiv-mcp-server:latest

图像默认为 HTTP 传输、 无国籍会话模式和日志到 /var/log/biorxiv-mcp-server; 服务器在 http://localhost:3010/mcp运行到一个 MCP 客户端的 stdio,使用 "command": "docker" 与 "args": ["run", "-i", "--rm", "-e", "MCP_TRANSPORT_TYPE=stdio", "ghcr.io/cyanheads/biorxiv-mcp-server:latest"]为了在当地建设, docker build -t biorxiv-mcp-server .; OpenTeleometry 端点依赖性默认安装——用 --build-arg OTEL_ENABLED=false 以略去它们.

项目结构

发展指南

见 CLAUDE.md 发展准则和建筑规则。 简本:

• 搬运工投掷,框架渔获量——否 try/catch 在工具逻辑中
• 使用 ctx.log 请求范围伐木, ctx.state 租户范围储存
• 通过枪管登记新工具 src/mcp-server/tools/definitions/index.ts
• 环绕外部 API 调用: 验证 生 → 规范到域类型 → 返回输出计划; 永远不要编织缺失的字段

捐款

问题值得欢迎。 提交前进行检查和测试:

bun run devcheck
bun run test

许可证

阿帕奇-2.0 — 见 自由主义 详细情况.