概览

PubMed、PubMed Central和欧洲PMC的生物医学文献。 搜索它,获取元数据和全文,解决识别符和部分引用,格式引用,以及 MeSH 词汇中的地面查询. 运行为 stdio 进程,本地可流的 HTTP 服务器,或上面的公共主机端点. 船舶 pubmed-guide 代理技能( e)skill://pubmed-guide/SKILL.md),MCP客户端读取了PubMed查询语法,PMC外的DOI-to-PMID路由,引用列表解析,引用计数,和全文缺失.

工具

资源

提示

能力参考

pubmed_search_articles _工具

• 完整 PubMed 查询语法加过滤器(作者、期刊、 MeSH、 出版类型、语言、物种、抽象、免费全文)和出版/修改/Entrez日期范围
• query 是可选的:使用作者、日记、 MeSH 或 出版物类型的过滤器,过滤器单独进行搜索(例如,日记在日期范围内的输出)
• 每页最多1 000个结果,抵消最多9 998个结果,或 maxResults: 0 单凭比赛数; summaryCount 增加最多50个点击的简介。 在封顶处会提供更大的页码,并注明要继续何处的提示
• 报告 totalCount,则 effectiveQuery 普布迈德跑,和 appliedFilters
• 拒绝在 PubMed 调用前的空白过滤值、 无法使用的日期和倒置的日期范围

pubmed_fetch_articles _工具

• 每通电话最多200个PMID;失事情况列于 unavailablePmids
• 摘要、作者、期刊、DOI、出版物类型、链接撤回/erratum/评论通知和链接; MeSH默认条件,通过 includeGrants,以及集体作者的成员(其 InvestigatorList数以千计的一些联合体审判) includeInvestigators
• 撤回、更正或被质询的文章以与 pubmed_format_citations,直接在其标题下
• dataBanks (c) 逐字列出记录的审判登记和数据储存(Clinical Curritics.gov NCT ID、GenBank和PDB加入、Dryad DOIs) pubmed_search_articles 页:1 <accession>[si] 找到其他记录
• recordType 从 Bookshelf 章节和书籍中分离出期刊文章; 选入 maxResponseCharacters 推迟至 deferred.ids

pubmed_fetch_fulltext _工具

• pmcids, (中文(简体) ), pmids,以及 dois 每次通话最多50个不同的识别码:前10个被取出,其余被运回 overLimit 后续电话。 每一个都是针对PMC,然后是欧洲PMC,然后是Unpaywall(需要) UNPAYWALL_EMAIL),其中多篇文章被取出并退回一次 viaSource 命名响应的分级
• source: "pmc" 返回部分(正文,然后是背面事项,如承认、声明和附录)、表格和数字; source: "unpaywall" 返回最佳 HTML 或 PDF 文本正文
• 获取欧洲PMC全文,以便记录欧洲PMC标记打开,包括预印;文章载有 licenses 他们的PMCJATS状态
• 密斯带有一个类型 reason 财务报告和审定财务报表 triedTiers· ; sections, (中文(简体) ), maxSections, (中文(简体) ), maxCharacters, (中文(简体) ), overflowMode,以及 maxResponseCharacters 约束反应, truncation 报告被切断的东西 sectionCap 名称 maxSections 切换

pubmed_europepmc_search _工具

• 添加预印( I)PPR专利(PAT)和阿格里科拉(AGR改为: MED 财务报告和审定财务报表 PMC; 默认为 MED, (中文(简体) ), PMC, (中文(简体) ), PPR
• 通过光标 cursorMark 编号 : nextCursorMark,每页最多100个;封顶处提供更大的页码,并注明要继续何处。 摘要以 400 个字符片段来取
• 可选 sort 逗号分隔 <field> asc|desc 键; relevance 是默认的顺序, 而一个不能使用的欧洲 PMC 类 europepmc_invalid_input
• 击打携带 license 财务报告和审定财务报表 hasFullTextXml
• 未注册时间 EUROPEPMC_ENABLED=false

pubmed_europepmc_fetch _工具

• 最多25个记录 records: [{ source, epmcId }],每对复制 从搜索点击, 与完整的抽象, license,以及 hasFullTextXml; 未解决的编号在 notFound; 选入 maxResponseCharacters 推迟至 deferred.records
• 未注册时间 EUROPEPMC_ENABLED=false

pubmed_fetch_citation_metrics _工具

• 每拨电话最多可达1 000个PMID;前200个识别器被取出,其余返回 overLimitPMIDs NIH iCite没有记录 unavailablePmids
• 相对引用比率(带有临时旗帜)、NIH百分位数、引用数和比率、翻译潜力、MeSH类股份和临床引用
• iCite 不标出撤销; 请检查 pubmed_fetch_articles 通知时
• 资料来源: NIH iCite (英语)

pubmed_format_citations _工具

• 每个电话最多50个PMID,任何组合 apa, (中文(简体) ), mla, (中文(简体) ), bibtex, (中文(简体) ), ris,以及 vancouver
• 书本记录作为已编辑的书籍引用,每一章按其上次修订或提交日期注明;无法获取的PMID报告为无法获取
• 温哥华用缩放的引用医学形式写出页面范围(1637-1645 → 1637-45页:1 issn 国际空间研究所 SN 携带日记连接ISSSN和RIS TI 减少后继期
• NCBI与一篇文章的链接 notices (b) 温哥华添加了以下内容: Retraction in: 编号 : Erratum in: 注和APA 缩出括号

pubmed_find_related _工具

• similar, (中文(简体) ), cited_by,或 references,每页最多可有50个相抵平面。 在封顶处会提供更大的页码,并注明要继续何处的提示
• 回溯到欧洲PMC,然后是OpenAlex, 并指定响应的提供者; 失败为 all_providers_failed 如果没有人可以

pubmed_spell_check _工具

• 回返 original, (中文(简体) ), corrected,以及 hasSuggestion; 校正已就地, 因此字段标记、 运算符、 间隔和基因符号保持为正文, 而像作者首字母这样的单个字母永远不会被换为另一个
• 索引字段标记的值( Q)aged[mh], (中文(简体) ), zhang y[au], (中文(简体) ), free full text[sb])保留为书面;自由文本字段([tiab], (中文(简体) ), [ti], (中文(简体) ), [tw])仍在更正
• 在零重击或薄搜索后运行, 然后重试 pubmed_search_articles 与 corrected

pubmed_lookup_mesh _工具

• 按名称或自由文字术语排列的描述符,准确的标题匹配先被标注(描述符,用于药物类标题);每页最多50个,通过 nextOffset。在封顶处提供更大的页码,并注明要继续何处的通知
• 记录携带他们的 MeSH 独有的ID(meshId,比如说. D000072657在Entrez UID旁; includeDetails (默认)添加树号、范围说明和条目词

pubmed_lookup_citation _工具

• 每通电话最多25个部分引文;需要一份日记或四位数年份,以及第一页的音量,作者应使匹配更清晰
• 每个都独立匹配,然后回来 matched, (中文(简体) ), not_found,或 ambiguous,带有回收细节

pubmed_convert_ids _工具

• 每通电话最多50个身份证,全部申报 idType (单位:千美元)doi, (中文(简体) ), pmid, (中文(简体) ), pmcid);只有 PMC 索引文章解决
• 每个ID一个成功或出错行,按顺序排列,所以部分批次永远不会失败

pubmed://database/info _资源

• 现场信息呼叫 pubmed 数据库,返回为 application/json
• count, (中文(简体) ), lastUpdate,以及 fields[],其名称为搜索标记 pubmed_search_articles 接受

research_plan _提示

• 参数 : title, (中文(简体) ), goal,以及 keywords 需要; organism 财务报告和审定财务报表 includeAgentPrompts 选项
• 返回四阶段研究计划; includeAgentPrompts: "true" 在其9个分步骤中每个分步骤下增加一个代理指导区块,其中2个在工具上:文献审查名称 pubmed_search_articles 财务报告和审定财务报表 pubmed_lookup_mesh,以及解释步骤名称 pubmed_search_articles

特征

建造在 @cyanheads/mcp-ts-core: stdio和可流式的 HTTP 传输器,可插接式(none 编号 : jwt 编号 : oauth),可互换存储(in-memory, (中文(简体) ), filesystem, (中文(简体) ), Supabase, (中文(简体) ), Cloudflare KV/R2/D1),结构化记录,可选择的OpenTeleometry tracking.

PubMed 特性 :

• NCBI E-用途(ESearch, EFetch, ESummary, ELink, ESpell, EInfo, ECitMatch)和PMC ID转换器,欧洲PMC, OpenAlex和Unpaywall填补了漏洞
• 共享 NCBI 请求队列: 启动节奏请求, 封顶货币, 冷却器在 NCBI 429 之后将每个呼叫者保存, 以及一个覆盖队列等待和重试的最后期限
• 为 PubMed 不一致的记录构建的 XML 解析: 结构化摘要、 缺失字段、 不同日期格式
• 豁免标识符:一个零加法的PMID解决,因为它在每个工具中拼写一个; pubmed_fetch_fulltext 并且不区分大小写和 PMC ID 的匹配 PMC 前缀
• 手卷引文格式化(APA, MLA, BibTeX, RIS, 温哥华),无依赖性

方便代理输出 :

• 答复中的证据:源标签、全文的许可字段和欧洲PMC结果、Unpaywall结果的最佳警告、搜索时的有效平息回声,因此特工可以判断信任什么
• Graceful 部分失败:批量工具返回每个项目的成功/错误行,而不是请求失败,并带有结构化状态代码和可操作的下一步文本
• 歧视性产出合同: source: "pmc" | "unpaywall"键入 unavailable 理由, viaSource 财务报告和审定财务报表 triedTiers 字段,因此调用数据分支,而不是字符串解析

开始

连接到主机实例, 没有安装 :

claude mcp add --transport http pubmed-mcp-server https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

或者在当地运行它:

claude mcp add pubmed-mcp-server -- npx -y @cyanheads/pubmed-mcp-server

对于其他客户端,请将此添加到 MCP 配置文件中 :

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@cyanheads/pubmed-mcp-server"]
    }
  }
}

一个 NCBI API 密钥 内 NCBI_API_KEY 将标准限制从每秒3个请求提高到10个请求(-e NCBI_API_KEY=your-key,或一个 env ) (中文(简体) ). 对于 Docker 或源构建,请参见 运行服务器。 。 。 .

配置

见 .env.example 用于每个服务器设置和通用框架覆盖.

运行服务器

地方发展

要求数 Bun v1.4.0 (英语) 或更高(或Node.js v24+).

• 克隆并安装数字 :

  git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git
  cd pubmed-mcp-server && bun install
  cp .env.example .env   # set NCBI_API_KEY, NCBI_ADMIN_EMAIL, and UNPAYWALL_EMAIL as needed
  

• 构建和运行制作版本数字 :

  # One-time build
  bun run rebuild
  
  # Run the built server
  bun run start:http
  # or
  bun run start:stdio
  

• 运行检查和测试数字 :

  bun run devcheck  # Lints, formats, type-checks, and more
  bun run test      # Runs the test suite
  

夹克

docker run --rm -p 3010:3010 ghcr.io/cyanheads/pubmed-mcp-server:latest

图像默认为 HTTP 传输、 无国籍会话模式和日志到 /var/log/pubmed-mcp-server运行到一个 MCP 客户端的 stdio,使用 "command": "docker" 与 "args": ["run", "-i", "--rm", "-e", "MCP_TRANSPORT_TYPE=stdio", "ghcr.io/cyanheads/pubmed-mcp-server:latest"]为了在当地建设, docker build -t pubmed-mcp-server .; OpenTeleometry 端点依赖性默认安装——用 --build-arg OTEL_ENABLED=false 以略去它们.

项目结构

发展指南

见 CLAUDE.md 发展准则和建筑规则。 简本:

• 搬运工投掷,框架渔获量——否 try/catch 在工具逻辑中
• 使用 ctx.log 用于伐木, ctx.state 用于存储
• 登记册中的新工具和资源 createApp() 数组在 src/index.ts
• 环绕外部 API 调用: 验证 生 → 规范到域类型 → 返回输出计划; 永远不要编织缺失的字段

捐款

问题值得欢迎。 提交前进行检查和测试:

bun run devcheck
bun run test

许可证

这个项目根据Apache 2.0许可证获得许可. 见 自由主义 详细文件.