@ 消防员/ 消防员

浏览器中的医疗图像注册:僵硬、相亲、SYN和贪婪 线性CPU或WebGPU后端可变形对齐. 两个NIfTI ArrayBuffer进入,扭曲的移动图像出来.

这是经过修改的衍生作品. 模块汇编自 cfireants,纯 C 重新执行 消防员 —— 说 文件已经 已更改,原始的Python没有被结转,这个包是 未经FireANTs作者认可。 在FireANTs下分发 许可证 v1.0 (LICENSE),其第4节要求版权通知, 许可文本和书目与之一同旅行;见 第三次议会 NoTICES.md,带有 引证. 如果您使用此方式发表作品,请引用 FireANTs 的论文.

在再分配审查之前,公开出版的成套出版物将封口. 节次 4(a) 列举了允许的再分配形式,npm包是 无论是原始寄存器还是软件包管理器上的轮子 项目文件。 4(a)(三)(经修订的保留通知和 参考文献目录)是本套件所依赖的条款. 发布工作流程将 建造并测试柏油丸,但不会公布于 npm 或公开附加 直到仓库变量 CFIREANTS_NPM_REDISTRIBUTION_APPROVED 实值 明确设置为 true 书面许可或经审查的解释后 已记录.

安装

一旦再分配批准被记录,请从 npm 安装软件包 :

npm install @fireants/fireants

软件包已经命名 fireants· ; cfireants 原产地C的名称 可执行和内部WebAssembly资产。 每个 GitHub 发布 还携带 无法改变的 npm 沥青球和 SHA-256 文件 .github/workflows/release-npm.yml。 。 。 .

import { register } from '@fireants/fireants'

const { image, elapsedMs, variant } = await register(
  await fixedFile.arrayBuffer(),   // .nii or .nii.gz
  await movingFile.arrayBuffer(),
)
// image is gzipped if the moving input was

CPU 线程和 WebGPU

三个造船厂 自动选择两个 CPU 变体; WebGPU 以 backend: 'webgpu'数字 :

Chrome,14个核心;质量是全球NCCC对照模板. WebGPU 不是一个 目前为快的. 如此大小的悬浮状态和部件仍然同步 cPU(尤其是SyN曲速倒置)上的成本比GPU所保存的还要高—— 同样的跑道是6.4 s土生土长。 它买的是它需要的 无交叉来源 隔离:在无法发送COOP/COEP的宿主上,比较不是15.7 s 对13.6s,对15.7s,对84.9s.

1毫米口径的单条大脑需要几分钟,这就是为什么 st 超时默认为30分钟 mt15岁.

线性构造是 -pthread,因此它导入了共享内存,并导入了一个页面 并非跨原生隔离 无法即兴表演 失败. 标志性游泳池的产卵 DataCloneError: SharedArrayBuffer transfer requires self.crossOriginIsolated 所以工厂既不决意也不拒绝 这个 因此,一揽子问题 在此之前 它会得到任何东西, 安静地 带 st 当答案为否时——在 GitHub Pages 上无法设置的页面 这些头,仍然工作. result.variant 说哪一个跑.

为了得到 mt,服务于 顶级文档 改为:

Cross-Origin-Opener-Policy: same-origin
Cross-Origin-Embedder-Policy: require-corp

把他们放在 .wasm 反之则无所作为:孤立是一种 属性。 注意费用,这是部署的通常原因 关闭隔离: 在 require-corp 每一个跨源子资源 页面加载 —— 图像、 字体、 分析、 嵌入 —— 必须自己发送 Cross-Origin-Resource-Policy 或被封锁.

在向用户保证快速运行前先询问:

import { checkSupport } from '@fireants/fireants'

const { threaded, variant, threads, reasons } = checkSupport()
if (!threaded) console.warn(`falling back to ${variant}: ${reasons.join('; ')}`)

WebGPU 被单独询问, 因为唯一的诚实答案需要 requestAdapter() 并因此成为同步—— navigator.gpu 存在于浏览器中 然后把任何适配器递回去:

import { checkWebgpuSupport, register } from '@fireants/fireants'

if (await checkWebgpuSupport()) await register(fixed, moving, { backend: 'webgpu' })

backend: 'webgpu' 永不退缩。 在没有设备的地方,它扔 CfireantsError 与 code: 'no-webgpu'所以有个叫GPU的人 发现而不是被交给 CPU 的结果标签为一个。 GPU建设 是单行本,因为它没有在设备上工作,所以 threads 实值 在那里是无意义的,是被拒绝的; result.variant 实值 'gpu'。 。 。 .

API 密码

register(
  fixed: ArrayBuffer | ArrayBufferView,
  moving: ArrayBuffer | ArrayBufferView,
  options?: RegisterOptions,
): Promise<RegisterResult>

checkSupport(): SupportReport
checkWebgpuSupport(): Promise<boolean>

RegisterResult 实值 { image: ArrayBuffer, elapsedMs: number, variant: 'mt' | 'st' | 'gpu', threads: number, log: string } —— 说 elapsedMs 是模块内的时间, log 是它写给studt and stderr的所有东西.

SupportReport 实值 { supported, threaded, variant, threads, reasons }数字 : supported 只有在没有网络大会的情况下才有假, threaded 说 是否为 mt 可用,且 reasons 说为什么不是.

阶段

舞台是CLI自己的弦,通过未分出. 没有外壳, (中文(简体) ), 故你应当记录他们 SyN[0.1,0.5,1.0]永远 'SyN[0.1,0.5,1.0]' 与 引用字符串内的内容.

await register(fixed, moving, {
  verbose: 2,
  onLog: (line) => console.log(line),
  stages: [
    { transform: 'Rigid[0.003]',      metric: 'MI[32]', convergence: '[200x100x50,1e-6,10]', shrinkFactors: '4x2x1' },
    { transform: 'Affine[0.001]',     metric: 'MI[32]', convergence: '[200x100x50,1e-6,10]', shrinkFactors: '4x2x1' },
    { transform: 'SyN[0.1,0.5,1.0]',  metric: 'CC[5]',  convergence: '[200x100x50,1e-6,10]', shrinkFactors: '4x2x1' },
  ],
})

metric 线性阶段默认为MI,可变形阶段默认为CC, 匹配可执行文件。 如果两个图像都是脑部提取的,通过 CC[5] 时间 换句话说,在这样一对舞台上,它既准确又快。 时 verbose: 2 模块将进度写入 stderr, 哪个 onLog 按行接收 :

  SyN scale 2: 96x114x96
    iter 50/100 loss=-0.789890

如果您想要进度栏, 请分析它; 原始行也被加入 result.log。 。 。 .

齐普

主题模块链接 无zlib - C读写简单 .nii 仅 -- 因此所有压缩都发生在 TypeScript 中,通过 DecompressionStream 财务报告和审定财务报表 CompressionStream输入是由魔法字节而不是由文件名所嗅出,所以 .nii 这真的被咬了 仍然工作。 没有这些溪流的环境 获得一个 no-compression-streams 与其拒绝,不如拒绝.

线索

线状池的大小 navigator.hardwareConcurrency积极 整数封顶通过 CLI --threads 旗帜——14个核心是13.6 s 小2毫米对相机, threads: 4 是 29.8 s —— 仍然选择了线形构造, 因为单行本不能遵守任何价值,只能遵守1. threads: false 强迫单行道在孤立的一页上建立起来 这是值得的 当你宁愿离开核心 在页面.

节点豁免隔离规则:它拥有共享箭头缓冲器,不需要 头来使用它,然后以全宽运行线被构建.

炸弹

标记胶体在运行时由 URL 上载并定位它自己的 .wasm b. 通过其本身 import.meta.url,所以这两个文件必须留下 邻接和 无污名。Vite和Rollup既不重写该 URL ,也不释放资产. 复制 cfireants-mt.js, (中文(简体) ), cfireants-mt.wasm, (中文(简体) ), cfireants.js, (中文(简体) ), cfireants.wasm, (中文(简体) ), cfireants-gpu.js, (中文(简体) ), cfireants-gpu.wasm,以及 worker.js 离开这个包 dist/ 进入某处服务,和指点 assetPath 写着:

await register(fixed, moving, { assetPath: '/cfireants/' })

assetPath 必须是同源的: 它能提供动态 import() (单位:千美元) new Worker(),否则其中任何一方会运行第三方的代码与 访问病人的卷.

图像大小和内存

峰值内存跟踪 已固定 图像,不是移动的。 SYN 分配其 移动场、选择性瞬间和相通性中间体 图像的网格,所以超大小的移动量只花费它自己的存储.

asm32在 4 GB 时封住堆积, 浏览器标签给出的比节点少, 所以 最后一行没有头室,更大的固定图像会失败。 登记册 改为 (单位:千美元) 1mm 的模板,然后通过大音量为 moving。 。 。 .

这个 gpu (英语) 建筑更紧:它的堆积是固定的 1 GiB,因为 标注的 WebGPU 端口不能与 ALLOW_MEMORY_GROWTH。它也会 需要适配器 maxStorageBufferBindingSize 适合最大的单 绑定:SyN的五道相关工作空间(144 MB用于1mm模板), 或三个贪婪和线性相(87 MB,128 MiB内部)的通道 基线)。 包装器要求适配器自己报告的尺寸限制,所以 有能力的GPU得到它们.

开始前,包装器从NIfTI两个标题读取 dim[1..3],工作 并对照 maxStorageBufferBindingSize 而上传最多的 maxBufferSize。 。 。 . 如果失败, 则指定需要的字节和拒绝的限度 . 这就是全部: 基线适配器随消息快速失效 行动,它没有获得运行1毫米SYN的能力. 铺平工作空间是 修补它,它不会写。 使用贪婪、 CPU 后端或 a 这种设备上的更小的固定图像 .

错误

每一次拒绝都会扔出一个 CfireantsError 带有 code 您可以在 :

error.log 当失败来自内部时, 包含模块本身的输出 这个 没有任何退步:无声无息的登记 降级后,会还原出错的量.

大楼

npm install
npm run checkVersion
npm run build      # build the wasm, stage it into dist/, emit types, bundle
npm run typecheck
npm run smokePackage -- . ../validate/small
npm run smokeWebgpu -- .  # Chrome: packaged CPU/WebGPU Rigid→Affine→SyN parity

npm run build 运行 build-wasm.sh 首先,需要标注在 PATH ( 6. 0.2 是 CI 的指针) 并且从母库中的 C 源来构建. scripts/copy-wasm.mjs 然后是阶段 所有六件文物都出来了 js/wasm/ 输入 dist/; 设置 CFIREANTS_WASM_DIR 如果写在别的地方.

src/main.c, (中文(简体) ), package.json,在 package-lock.json, (中文(简体) ), 而释放标记必须带有相同的版本。 CI 检查这个而不是 重写释放元数据 。 调用请求和推 运行本地测试,建设, 和烟雾测试两种CPU变体 从包装的柏油球。 浏览器 CPU/WebGPU 本地对等检查 npm run smokeWebgpu。 。 。 .

出版

第一次出版需要一次性的靴子 因为Npm信任的出版商 从已有软件包的设置中配置 :

1. 记录再分配审批并设置 GitHub 仓库变量 CFIREANTS_NPM_REDISTRIBUTION_APPROVED=true。 。 。 .
2. 添加颗粒 npm 发布令牌为 GitHub 动作密钥 NPM_TOKEN。 。 。 .
3. 提交版本为 src/main.c, (中文(简体) ), js/package.json,以及 js/package-lock.json,标记以相同的 v- 前缀版本, 并发布"GitHub"发行.
4. 在新软件包的 npm 设置中, 添加 GitHub 动作信任的发布器 页:1 neurolabusc/cfireants工作流程 release-npm.yml直接 npm publish 允许。 然后删除 NPM_TOKEN 暗号.

该版本从源头构建,验证版本,运行原生和包装 WASM 烟雾测试,出版 @fireants/fireants 有出处,有随从 确切的柏油球加上它的SHA-256校验和到GitHub发行. 未来 以短寿命的 OIDC 证书向 npm 发布认证,不需要 npm 符号 .