@fishka/seqalgo (英语)
部分 菲什卡.比奥 ——基于自由浏览器的生物信息学工具.
浏览器和节点生物信息学应用的序列算法. 这是
算法伴对 @fishka/seqio数字 :
seqio 读和写序列文件, seqalgo 分析序列.
当前 API :
- Needleman-Wunsch 全球对齐 eDNAFLL 评分和IUPAC
模糊码支持 。 与EMBOSS相匹配的分数
needle。 。 。 . - 序列公用事业:去除/计算缺口和IUPAC-意识倒置 备注.
- 质量修饰:被修改的Mott和滑动-窗口修饰范围.
- 配套公用事业: 坐标转换, 间隙列清理, 双向 组合对齐,并有填充缺口的转换.
- 色谱仪: 逆向补真和注射对齐 空白为色谱图.
- 管道将许多读物放在一个简短的参照物上, 把它们叠成一栏,
并且从这些栏目中读取判决(涵盖范围、共识和IUPAC含糊不清,
频率-阈值变位调用). 阅读可以来自内置对齐器
或已经放置在地图上..
placeFromCigar转向 SAM/ BAM 启动 位置和CIGARs划入同一栏块,以调和跨栏插入 读取. - 协商一致:两个呼叫者在同一块.
buildConsensus这是 频率投票 深堆积想要;buildBayesianConsensus每个读取的重量 以它自己的花红分数作为参考,所以一个干净的读取 超过两个令人怀疑的问题——毛细工作正确答案——和 报告每栏的信心.
计划:突变分类,共识调用,异质检测.
安装
npm install @fishka/seqalgo
内特曼-温施
import { needleAlign } from '@fishka/seqalgo';
const result = needleAlign('GATCACAGGT', 'GATCAGGT');
result.seqA; // aligned reference: "GATCACAGGT"
result.seqB; // aligned read: "GAT--CAGGT"
result.score; // EMBOSS-equivalent score
needleAlign(ref, read, {
gapOpen: 10,
gapExtend: 0.5,
gapAnchor: '5-prime',
});
gapAnchor 只会影响那些同样得分的内地
同位素/重复道:
'5-prime'(默认)匹配EMBOSSneedle解开领带.'3-prime'用于 ISFG 法医 mtDNA 标记的右锁定空格.
序列和质量助手
import { mottTrim, reverseComplement, slidingWindowTrim } from '@fishka/seqalgo';
reverseComplement('ACGTRY'); // "RYACGT"
mottTrim([8, 12, 30, 31, 29, 10], { cutoff: 20 }); // { start, end }
slidingWindowTrim([8, 12, 30, 31, 29, 10], { threshold: 20, windowSize: 3 });
对齐和色谱图助手
import {
applyAlignmentGapsToChromatogram,
combineAlignments,
removeColumnsOfGaps,
reverseComplementChromatogram,
} from '@fishka/seqalgo';
const cleaned = removeColumnsOfGaps(['A-C-', '--C-']);
const combined = combineAlignments(pairwiseAlignments);
const rc = reverseComplementChromatogram(chromatogram);
const gappedTrace = applyAlignmentGapsToChromatogram(rc, 'AC-GT');
亚行路径的进口可供 @fishka/seqalgo/needle, (中文(简体) ),
@fishka/seqalgo/sequence,以及 @fishka/seqalgo/alignment。 。 。 .
许可证
阿帕奇 - 2.0