@fishka/seqio (英语)
部分 菲什卡.比奥 ——基于自由浏览器的生物信息学工具.
浏览器-和节点相兼容的排序文件 I/O.
当前 API :
- 银行家协会 (单位:千美元)
.ab1编号 :.abi解析器、打出色谱视图、原始读取器/写作器, 和变异的助手. - FASTA / FASTQ /. 夸尔 带有 Phred+33 质量编码的文本写入器.
计划:常设委员会和FASTA/FASTQ读者.
安装
npm install @fishka/seqio
银行家协会
使用 parseAbif() 当你想要一个即时的色谱图,基调调,和
来自 a 的元数据 .ab1 文档.
import { parseAbif } from '@fishka/seqio/abif';
const result = parseAbif(uint8ArrayOrArrayBuffer, 'sample.ab1');
result.baseCalls?.sequence; // preferred called sequence, upper-cased
result.baseCalls?.confidences; // PCON quality scores
result.baseCalls?.positions; // PLOC peak positions
result.baseCallVariants; // all PBAS/PCON/PLOC versions found
result.chromatogram.data9To12.A; // A trace mapped through FWO_
result.metadata.sampleName;
使用 readAbif() 编号 : writeAbif() 当您需要进入或想要进入
在往返期间保留未知的供应商标签.
import { readAbif, writeAbif, findEntry, upsertEntry } from '@fishka/seqio/abif';
import { setAveragePeakSpacing, setConfidences, setPositions, setSequence } from '@fishka/seqio/abif';
const file = readAbif(bytes);
findEntry(file, 'SMPL', 1);
const commentPayload = new TextEncoder().encode('basecalled');
upsertEntry(file, 'CMNT', 1, commentPayload, {
elementType: 2,
elementSize: 1,
elementCount: commentPayload.byteLength,
});
setSequence(file, 'ACGT...');
setConfidences(file, [40, 38, 41]);
setPositions(file, [13, 25, 38]);
setAveragePeakSpacing(file, 12.5, 'my-basecaller');
const out = writeAbif(file);
FASTA / FASTQ /. 夸尔
import { formatFasta, formatFastq, formatQual, hasUsableQuality } from '@fishka/seqio';
const record = { id: 'sample.ab1', sequence, qualities };
formatFasta(record); // wrapped at 60 residues by default
formatFasta(record, { lineWidth: 0 }); // single sequence line
if (hasUsableQuality(qualities)) {
formatFastq(record); // Phred+33, scores clamped to [0, 93]
formatQual(record);
}
API 密码
parseAbif(input, fileName?)readAbif(bytes), (中文(简体) ),writeAbif(file), (中文(简体) ),findEntry(), (中文(简体) ),findEntries(), (中文(简体) ),upsertEntry()getSequence(), (中文(简体) ),getConfidences(), (中文(简体) ),getPositions(), (中文(简体) ),getDataChannel(), (中文(简体) ),getChannelMap(), (中文(简体) ),getSamplingRate()setSequence(), (中文(简体) ),setConfidences(), (中文(简体) ),setPositions(), (中文(简体) ),setAveragePeakSpacing(), (中文(简体) ),ensureRawDataChannels()formatFasta(), (中文(简体) ),formatFastq(), (中文(简体) ),formatQual(), (中文(简体) ),hasUsableQuality()
图书馆使用 Uint8Array 财务报告和审定财务报表 DataView,没有节点 Buffer 依赖性.
ABIF 写入是无意义而非字节的布局保存:
保留了未知条目,但有效载荷可能会被重新包装并被固定.
许可证
麻省理工学院