RMSX 翻转本
RMSX Flipbook是用于RMSX的银河可视化软件包 rmsx.json 与Molstar一起制作的观众名单.
Npm 软件包发布于 @galaxyproject/rmsxflipbook。 。 。 .
它遵循银河可视化XML框架:
public/rmsxflipbook.xml宣布可视化, 兼容rmsx.json数据类型、参数和脚本条目.src/main.js读取银河系data-incoming来自#app。 。 。 .- 从
${root}api/datasets/${dataset_id}/display。 。 。 . - 从 npm 安装了 Molstar (
molstar)并被捆绑在建设时间.
查看器模式
- 结构 保留原始交互一行翻转本布局.
- 热图 每个逻辑链显示一个移植的 RMSX 矩阵,并带有切片 沿横向轴和沿纵向轴的残余物.
- 分析 将 RMSD, RMSX, RMSF 和全链分子片对齐 共享时间和残留范围。 两个连锁面板并肩坐落 内容区域至少为 1 240 px 宽而堆栈低于该阈值 。 A 类 更大的全组装行列入多链清单.
分析使用一幅Molstar画布、一幅正交相机和一幅共享相机 旋转矩阵。 DOM切片锚被未预测到分子世界空间, 因此在不创建查看器的情况下重新调整或滚动更新位置 拖动任何分子道 旋转每个结构的位置。 表明 预选 RMSD/RMSF 度量衡仍然得到紧凑的热映射和 结构布局.
在图外单击,包括其轴或边距,或按 逃脱 清除 链接选择指南和分子残留标记。 现在的切片, 旋转和间隔保持不变。 再次选择图可以恢复向导; 拖动分子道或使用控件保留当前选择.
保存图像 下载可见结构、热图或分析的 PNG 视图中没有控制边栏。 分析图像包括地块、标签、, 传说和有当前旋转和选择的可见分子道. 清除一个没有红色向导的图的首选 。 导出抓取 当前视图和滚动位置; 它不包括下面的内容 可见区域。 它使用捆绑的 Molstar 渲染和浏览器画布 APIs,没有 上传数据或请求屏幕捕获权限.
默认示例
开发模式和 Playwright 使用由 Galaxy 生成的真实 RMSX 显示
从捆绑的包装 1UBQ.pdb 和316个框架 mon_sys.xtc 轨迹 这个
显式包含有9个结构切片,76个活性锡残基,以及
可选分析度量衡;它取代了早先的合成三帧
多肽固定.
轨迹取自TCBG Ubiquitin个案研究,并载有来源 归属在清单。 从新生成的固定器刷新 银河系统产出:
npm run fixture -- /path/to/1ubq-mon_sys.rmsx.json
发展
npm install
GALAXY_ROOT=http://127.0.0.1:8080 GALAXY_DATASET_ID=<dataset-id> npm run dev
构建
npm run build
该建筑将银河系统备妥的静态资产写入 static/。 。 。 .
几何检查
附录 ?layoutDebug=1 在开发模式中显示面板界限,分子
车道中心 和切口指向 Playwright 验证分析视图
2000x1100, 1440x900, 和 552x993, 包括对齐图面, 面板
包装,每道有9个不同的集群,旋转后固定中心,以及
更大的组装行阶梯.
发布
npm login
npm run build
npm publish --access public
这个工作空间也与 pnpm login 财务报告和审定财务报表 pnpm publish --access public。 。 。 .
软件包运行 vite build 在包装之前, 所公布的柏油球包含
银河系准备 static/ 资产。 出版后,Galaxy可以参考
软件包来自 client/visualizations.yml。 。 。 .
Ubiquitin定向和轮换中心
由 unbiquitin 展开的例子保留了既定的 90 度 X 旋转 : 它的+Z拉向下显示在屏幕上 (-Y), X 水平. 每个片段(和每个分析链道)绕加权线旋转 位于该道原子的中心,在口罩分裂前计算. 合并组装使用一个共同组装中心,保存链几何. 因此后骨 N/C/O 原子得到各自的原子重量;a 只有C-α-的切片与它的几何中心具有相同的支点. 如果有遗产 PDB 包含未识别元素, 完整道保留了几何 而不是假设质量。 这不推断省略原子或重运行 科学分析,不需要明显的迁移.
浏览器回归检查所有9个 ubiquitin 切片, 一个向下侧 在结构和分析中旋转后恢复.
0.0.4 发行说明
- 将每个结构的自转放在其显示原子的质量上,共享 一个贯穿其彩色代表并保存完整的集会的支点.
- 在第一次渲染之前初始化 Molstar 的反变异默认 在阴影资源加载时断断续续的空白结构.
- 校验所有9个 unbiquitin 片段仍然可见,在 后向下展开 旋转重置 。 多链分析和遗产清单保留了现有的 接口,不需要迁移.