@galaxyproject/ varri (英语)
银河可视化插件 瓦里语 —— 说 rNA-RNA相互作用的可视化注释.
该插件将生成一个 Galaxy 数据集( JSON 与 sequence 财务报告和审定财务报表 structure使用
varri-js 库:交互式缩放/页、区域/子序列/图解说明,
概率剖面图,以及 SVG/PNG 导出.
如何运作
这个套装也一样 银河图表 维特
本寄存器中其他软件包使用的常规(例如参见:. packages/aladin:
main.js- 银河胶:读取data-incoming属性,从 将销售商的上游取景器嵌入<iframe>与 作为 URL 查询字符串转发的数据集参数.main.css——最小布局/工具栏造型.index.html——Vite条目HTML页面.vite.config.js编号 :vite.config.charts.js建筑配置;vite build捆绑main.js输入static/index.js财务报告和审定财务报表main.css输入static/index.css。 。 。 .public/varri.xml—— Galaxy 插件描述符(entry_point捆绑的分数index.js编号 :index.css) (中文(简体) ).public/logo.svg——插件图标.
为什么上游景点是批发的
此插件不重执行任何部分 瓦里语
UI(设置面板,突出显示/mutation编辑器,SVG/PNG导出,帮助,引用页,.).
相反, main.js 将完整、未修改的上游取景器嵌入 <iframe>,以及
纯粹通过它已经支持共享/嵌入的 URL 参数驱动它(参见
"URL参数与共享"在其README. 这意味着没有按钮/标签重复和没有
依赖 vaRRI JS API 在这里维护——如果上游添加、重命名或去除
设置, 此插件不会改变; 只有 a varri-js 需要版本折叠 .
这个 vite-plugin-static-copy 插件( 配置于 vite.config.js复制整个
varri-js npm 软件包来自 node_modules/varri-js 输入 static/vendor/varri-js/ 在建设中
时间, 未经修改的 —— 与此 repo 所使用的方法相同 polaris 财务报告和审定财务报表 vintent 软件包到
供应商 pyodide。不同于习惯 predev编号 :prebuild 脚本, vite-plugin-static-copy (单位:千美元)
在 vite dev编号 :vite preview不仅仅是 vite build永远
从 GitHub 或任何其他外部来源下载任何信息—— 只有已经发布的文件
输入 varri-js npm 软件包.
构建
npm install # installs varri-js (devDependency) among others
npm run build # runs `vite build` into static/, vendoring the vaRRI viewer as it goes
npm run dev # local development server (vendor assets served directly, not copied)
npm test # sanity-checks the built static/ output
数据集格式
数据集必须是 json 银河数据集,包含一个平面对象:
vaRRI URL 参数。 。 。 .
所有密钥都是可选的,但 sequence 财务报告和审定财务报表 structure数字 :
{
"sequence": "AACUCGCGAAAGCCAUAAAAACCAGGGAGACA&UUCCCUGGUGUUGGCGCAGUAUUCGCGCA",
"structure": "....((((((.((((.....((((((((....&.))))))))..))))......))))))..",
"startIndex1": -35,
"startIndex2": 2,
"subsequenceHighlights": [{ "sequence": 1, "range": "-12--6", "color": "#0dec3f", "alpha": 0.9 }],
"pointMutations": [{ "sequence": 1, "position": -14, "replacement": "G", "color": "#fb0bcb" }],
"forceLayout": false
}
请注意: subsequenceHighlights, (中文(简体) ), regionHighlights,以及 pointMutations 是数组
与库本身的图案相匹配的结构化对象,而不是逗号分隔
由上游vaRRI编辑的GUI输入字段使用的迷你语言(见下文).
如何嵌入上游编辑器 UI
这个 varri-js npm 包船是一个完整的浏览器/编辑网页(index.html, (中文(简体) ),
index.js, (中文(简体) ), style.css)——同页服务于
https://backofenlab.github.io/vaRRI/ (英语)此插件 已经 嵌入该页,
未修改,在 <iframe>: 整个编辑 UI( 设置面板、 注释)
控件,导出按钮,引用页,...)在 iframe 中可以使用,只是
像独立页。 唯一的微调是 hideFooterAndHeader 網址
参数,可以删除页眉和页脚,但保留控件
面板可见——完全如上游文件所示,所以用户仍然可以微调
参数和加载后重排。 银河系统提供数据集参数如下:
查询字符串和上游页面处理所有渲染,所以这个插件
包含没有重复的 UI 或渲染代码。 这类似于如何
packages/aladin 嵌入层 aladin-lite ——区别在于: varri-js
将自己的 HTML 页面捆绑,同时 aladin-lite 曝光一个JavaScript API.
本地测试
npm run dev
然后打开打印的本地 URL; 一个模拟 data-incoming 数据集 id(来自
GALAXY_DATASET_ID 环境变量)在dev模式下被自动注入.
安装到银河系统实例(用于开发)
银河在其中发现插件 config/plugins/visualizations/<name>/static/ 并进行阶段
输入 static/plugins/visualizations/ 在客户端构建时 :
GALAXY_ROOT=/path/to/galaxy
npm run build
mkdir -p "$GALAXY_ROOT/config/plugins/visualizations/varri"
cp -r static "$GALAXY_ROOT/config/plugins/visualizations/varri/"
cp public/varri.xml "$GALAXY_ROOT/config/plugins/visualizations/varri/static/varri.xml"
# then (re)build the Galaxy client so the plugin gets staged
许可证
varri-js (阴于下 static/vendor/varri-js/ 麻省理工学院获得许可证——
见 static/vendor/varri-js/LICENSE。本包中的胶合码被 MIT 许可为
不错.