3Dmol.js (英语)

3Dmol.js是一个面向对象,WebGL加速JavaScript库,用于在线分子可视化.

由于3Dmol.js根据允许的BSD开源许可证获得许可,只要代码得到正确承认,任何项目都可以自由使用 引用。 。 。 .

有了3Dmol.js,你就可以在你的网络应用中加入精致地制作的分子可视化. 特征包括:

• 支持 pdb, sdf, mol2, xyz, cif, cdjson, mmtf, prmtop, group, pqr, cube, 和 vasp 格式
• 平行分子表面计算
• 球体、棍子、线条、交叉、卡通和表面样式
• 基于原子属性的选择和样式
• 标签
• 可点击分子数据的交互性
• 包括球和箭在内的几何形状

见 文档 学习如何使用 3Dmol.js 作为一种 主机查看器, (中文(简体) ), 嵌入式查看器,或作为较大应用程序的组成部分.

实例

HTML 语言

<script src="https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js"></script>     
 
 <div style="width: 400px; height: 400px;" 
        class='viewer_3Dmoljs' data-pdb='4N8T' data-style='cartoon:color=spectrum'
        data-surface='opacity:.7;color:white'></div>

Java 脚本

我们支持同时使用 PDB 查询和 PDB 文件 .

首先你只是用div的ID来创建取景器.

var viewer = $3Dmol.createViewer($("#div"));

然后可以下载蛋白质数据库模型(这里的pdb:1MO8),并用选择的造型显示.

$3Dmol.download("pdb:1MO8",viewer,{multimodel:true, frames:true},function(){
    viewer.setStyle({}, {cartoon:{color:"spectrum"}});
    viewer.render();
});

表面

我们也支持使用同步加载的表面,支持不同的颜色方案

viewer.addSurface($3Dmol.SurfaceType.VDW, {
    opacity:0.85,
    voldata: new $3Dmol.VolumeData(volumedata, "cube"),
    volscheme: new $3Dmol.Gradient.ROYGB(range[1],range[0])
},{});

形状

支持使用不同的形状和风格.

viewer.addCylinder({start:{x:0.0,y:2.0,z:0.0},
    end:{x:0.0,y:10.0,z:0.0},
    radius:0.5,
    fromCap:false,
    toCap:true,
    color:'teal'});
viewer.addCylinder({start:{x:15.0,y:0.0,z:0.0},
    end:{x:20.0,y:0.0,z:0.0},
    radius:1.0,
    color:'black',
    fromCap:false,
    toCap:false});

文档

请检查我们的文档 3dmol.js (英语). 我们有教程, 以及稳定发布平台.

联系人

请回答任何问题或关注 [email protected] (英语)。 。 。 . 你们也可以 提交问题 在 gi上.

引用

如果你使用3Dmol.js,请引用我们 生物信息学论文。 。 。 .

供资

3DMol.js通过R35GM140753(以及之前来自国家普通医学研究所的R01GM108340)获得资金. 内容完全由作者负责,并不一定代表国家普通医学研究所或国家卫生研究所的官方观点.