gramene-search

这是基于 redux-bundler 示例应用程序

安装

npm i

为了让Parcel正确地转译导入的节点模块，这个hack是必要的。

编辑 node_modules/@parcel/core/lib/summarizeRequest.js

改变 return !filePath.includes(NODE_MODULES); 来 return true;

构建

npm run build 编译js以供在sorghum-webapp中使用，前提是你已经在同一个父目录中克隆了它

npm run start-maize 启动玉米泛基因组子位点

引物选项卡

引物基因细节标签嵌入 PrimerDesigner 从 gramene-primers： PCR/qPCR引物设计； 基因组特异性检查和泛基因组覆盖检查，由gramene-swagger提供 /primers 端点。它只出现在设置的网站序列之后 details.primers：

• primers: true 使用网站的 grameneData API。
• primers: {apiBase: 'https://data.sorghumbase.org/sorghum_v11', pangenome: false} 将选项卡指向它必须服务的另一个swagger基URL /primers); pangenome: false 隐藏泛基因组检查。

保持密钥未设置(或 false)，其中API没有 /primers 端点。 设计师状态保持不变 uiViewState.byGene[geneId].primers 然后用 共享视图;恢复的视图重新运行设计，过期的检查作业显示“重新运行检查”。 粘贴的序列保留在该存储中，因此它可以在切换详细选项卡时保存下来，但它被忽略了 保存的视图；设计响应和检查结果也不保存。 基因链接检查结果打开在一个新的标签，所以设计和运行检查留在原地。 样式是在运行时注入的，所以不需要CSS导入。

gramene-primers 是依赖项(^0.2.0）. 为了尝试未释放的gramene引物变化， 在它上面安装一个打包的tar包(不是 npm link 或 file:（加载第二个React）； 接下来的 npm install 返回注册表版本。

cd ../gramene-primers && npm run pack:local       # gramene-primers-0.2.0.tgz
cd ../gramene-search && npm install --no-save ../gramene-primers/gramene-primers-0.2.0.tgz && rm -rf .parcel-cache

运行高粱的演示与一个swagger服务 /primers：

PRIMERS_API=https://data.sorghumbase.org/sorghum_v11a SUBSITE=sorghum npx parcel src/sorghum.html --port 1234

在高粱样本中(src/demo.js)选项卡仅在以下情况下显示 PRIMERS_API 设置; 它变得 details.primers.apiBase。

表达式选项卡

表达基因细节选项卡有这些子选项卡，都绘制在带有 gramene-atlas-heatmap， warelab的React 18分支 EBI的地图集热图（解剖图）来源于 gramene-anatomogram）. 它们取代了旧的 iframe来 dev.gramene.org/static/atlasWidget.html。

• 假字:一个 ExpressionAtlasHeatmap 基因在物种内的相似之处 在选择器中选择，该选择器列出了该物种的所有研究（EBI和JGI）；只有该基因的研究 主持人的搜索结果携带 expressed_in_gxa_attr_ss）.
• EBI研究 (以前是“所有研究”；它的保存视图键仍然是 'gene'):一个 ExpressionAtlasHeatmap 基因的表达图谱研究。JGI的研究留下了 :其 filterRows 滴每一排书房谁的 source 是 'JGI' 在 网站的 /experiments 列表，即id为研究的加入的行，或id或名称为 研究的名称或开始 '<study name> - ' （一项研究被第二个因素分割）。的热图 等待该列表（仅是第一次访问，因为列表是持久化的），因此JGI行永远不会闪现，并且 基因表达的研究（见下文）；如果无法获取列表，则绘制时不加过滤。
• 变得更研究 (当基因在JGI研究中表达时显示，例如Mullet实验室的研究 JGI-SB-1．.4 在sorghum_v11)：一个选择的JGI研究基因表达 和一个 ExpressionFactorGrid 研究对象的基因。在JGI中表达的基因 研究，但没有EBI基线研究在这个子标签上打开（其EBI研究热图将在下面） （截止），除非选择或保存了子选项卡。网格将研究的因素放在它的行和列上 （当它变化时，有机体部分在栏上）。有两个不同的因素，一个按钮交换它们；有更多的, 行 和 列 选择器挑选它们，剩下的因子被折叠成行；一个 具有一个变化因素的研究被绘制为单行。存放多个样本的单元（组） 不同样本id的相同因子值每个样本分成一个波段，并悬停或聚焦a 波段显示其因子值、样本id、重复数和TPM。
• eFP浏览器 （其中BAR表示物种）：所选研究的eFP图像。

下载。 类比和EBI研究有一个 下载 按钮在热图的控制，和JGI研究之一 网格的工具栏。它会打开一个对话框，询问 文件名称 （预先填充，聚焦和选择）和a 格式： 制表符分隔的文本（.tsv），每次对话框打开时选择，或 JSON (. JSON)。 下载 (或 输入)保存小部件在该名称下显示的数据，并添加格式的扩展名，除非名称已经存在 有吗，不管它被点击的次数有多频繁； 取消 所剩无几。该名称已经过处理，以便浏览器保存 与对话框显示的名称完全相同的文件(路径分隔符， : * ? " < > |控制和不可见 格式化字符和前导符 ~ 被删除，它被削减到200字节)和 下载 是禁用的 当它是空白的。当热图显示没有数据时（“没有数据匹配您的过滤标准…”），对话框显示有 不需要下载，也不需要保存。

<gene> 是id标签查询(基因的 atlas_id，或其id)。热图的TSV 开始于 # 评论行（页面URL、时间、查询或实验、单位），然后是列的标题行 标签和每行一行；网格的TSV是一个普通的表。JSON具有相同的数据，包括id、单位和 null 对于没有数据，并将数据归功于其来源： Expression Atlas 对于EBI研究， phytozome-next.jgi.doe.gov （参见gramene-atlas-heatmap的README） 下载）. 对于EBI实验，类比热图的对话框也链接到 完整的实验数据 表达图谱 （EBI的下载，以前的“所有数据”菜单项）；JGI研究没有这样的下载，所以它是 留给他们的。

细节:

• atlasUrl 在站点配置中命名gramene-swagger /gxa/ 要查询的实例， 如。 'https://data.sorghumbase.org/sorghum_v11/gxa/'． 取消设置，选项卡查询 https://data.sorghumbase.org/auth_testing/gxa/，旧部件的默认值。研究列表如下 从 <grameneData>/experiments． 基因表达的研究是它的 expressed_in_gxa_attr_ss，而搜索结果不包含这些内容，因此TAB会根据这些内容查找它们 基因(<grameneData>/search?q=id:"<id>"&fl=id,expressed_in_gxa_attr_ss, grameneGeneStudies 包)。如果查找失败，JGI研究提供每个JGI研究 物种。
• EBI研究和JGI研究发送基因 atlas_id （或其id）。
• 链接在新选项卡中打开。 resolveUrl 在 Expression.js 点行，实验， “更多信息”，“表情图集”和EBI的下载链接，因为gramene的狂妄又回来了 相对的基因链接和一个空白 geneQuery;JGI研究保持了它们的Phytozome链接。为 'download' 它返回 null 当实验为JGI研究时(a source: 'JGI' ，或下载网址 jgi.doe.gov，其有效载荷将Phytozome的基因组页命名为 它的下载)，这将删除对话框的完整数据链接。
• 选择的子选项卡，平行实验，JGI研究和每个JGI研究的网格轴 （jgiExperiment， jgiAxes)被保存在 uiViewState.byGene[geneId].expression 和 与共享视图一起保存。
• 样式在运行时注入；Bootstrap 5 CSS和react-bootstrap 2来自主机。

gramene-atlas-heatmap 是依赖项(^6.3.0添加6.2.0 filterRows 和 ExpressionFactorGrid6.3.0下载对话框和 downloadFileName)，并带来 gramene-anatomogram． 要尝试未发布的分支更改， 在注册表版本上安装两个包的压缩包(不是 npm link 或 file:（加载第二个React）；接下来的 npm install 返回注册表版本。

cd ../anatomogram && npm run pack:local      # gramene-anatomogram-3.0.0.tgz
cd ../atlas-heatmap && npm run pack:local    # gramene-atlas-heatmap-6.3.0.tgz
cd ../gramene-search && npm install --no-save ../anatomogram/gramene-anatomogram-3.0.0.tgz \
  ../atlas-heatmap/gramene-atlas-heatmap-6.3.0.tgz && rm -rf .parcel-cache*

在另一个atlas实例上运行sorghum演示(ATLAS_URL)和数据发布 （GRAMENE_DATA、默认 https://data.sorghumbase.org/sorghum_v10b）; Sorghum_v11有 变得更研究:

GRAMENE_DATA=https://data.sorghumbase.org/sorghum_v11 ATLAS_URL=https://data.sorghumbase.org/sorghum_v11/gxa/ \
  SUBSITE=sorghum npx parcel src/sorghum.html --port 1235