jbrowse-plugin-protein3d
一个3-D蛋白质结构查看器JBrowse 2，链接残基残基到 基因组。
pdb1tup旁的TP53， p53的核心结构域与DNA结合。R248是一个癌症热点
在结构上选择洋红色，其密码子标记在基因上。
开启此会话。
CI重新呈现来自的图形 main 每小时
（脚本/ readme-figure.mjs）.
右键单击一个基因并选择 开放AlphaFold结构 因为它的预测 一键建立模型，或 发射蛋白视图 对于提供每一个的对话 选择。该插件通过UniProt查找AlphaFold模型，列出 实验PDB条目SIFTS映射到该UniProt条目，并且可以搜索 查找相关结构。它将每个结构与转录本的结构对齐 翻译，悬停一个残基会突出它的密码子悬停一个密码子 突出其残留。
试一试
这个 蛋白质的浏览器 获取一个基因名称，并在JBrowse中打开它，其结构链接到 基因组。该插件也默认安装在 genomes.jbrowse.org，所以它适用于任何物种 在那里。
文档
使用插件：
- jbrowse.org上的教程： TP53从预测到结晶 打开一个AlphaFold模型和两个叠加在旁边的晶体结构 将R248热点读入其密码子； 基因组中的蛋白质。jbrowse.org 从任何基因的右键菜单中启动一个结构和一个MSA。
- 演示：各一个链接。在人类中，仅凭名字就能打开基因， 小鼠、酵母、细菌、真菌和病毒(大肠杆菌recA、结核分枝杆菌katG、 SARS-CoV-2刺突，HIV-1衣壳)，然后是容易的结构 图谱错误——一个肽与一个更大的伙伴结合，一个蛋白质与DNA结合，一个 受体和另一种蛋白质融合在一起，磷酸化残基，还有 线粒体蛋白质。
- 你自己的结构打开你折好的模型 你自己（ColabFold, AlphaFold 3, Boltz…），而不是AlphaFold DB， 从文件，URL或每个基因生成的链接，以及哪些特征携带 结束了。
链接和嵌入：
- 从URL或代码启动：工作会话规范链接；
短
uniprotId/pdbId+transcriptId形式，几个结构在一个 视图，一维蛋白质视图，以及LaunchView-ProteinView和LaunchView-ProteinAnnotationView扩展点。 - 启动参数：每一个论点，
connectedView设置，以及文字记录feature形状。 - 会话快照保存视图的形状 结构简写，以及哪个链映射。
它是如何工作的，有人扩展插件或检查什么数字上 屏幕上的意思是:
- 基因组与结构比对:为什么 该插件将转录本的翻译与动态结构对齐， SIFTS和G2S的先例，它如何选择链和同工异构体， 而序列比对不能决定什么。
- UniProt功能轨道：在哪里加入 以及uniprot到结构的偏移量来自AlphaFold模型的PDB 条目和您自己的模型。
- 秘密调料：用一个比例绘制一个变量 3D视图，排列条和基因组轨迹，以及一些想法 在此基础上进行构建，比如在结构上绘制任何基因组轨迹。
- 残留编号一篇论文的R248是如何变成的
文件中的位置154，
label_seq_idMol*为155，密码子为on Chr17，以及会话规范如何以文献的方式命名残留物。
在插件上工作：
- DEVELOPERS.md：在本地运行并发布。
- 测试：单元，端到端，文件和演示检查。
- 主机的兼容性：哪个JBrowse主机加载 已发布的包，以及启动它的门。
- 现场检查：为会话提供本地构建 jbrowse.org。
出版
如果你觉得这个工具有用，请引用我们的工作
Diesh， C, Stevens， G, Bridge， C, Hogue， G, Buels， R, Cain， S, Stein， L, & 福尔摩斯，I.（2026）。基因组浏览器中的蛋白质：系统发育的整合 JBrowse 2中核苷酸水平证据的比对和结构。杂志 分子生物学学报，169645。 https://doi.org/10.1016/j.jmb.2026.169645